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请教VASP计算的坐标系重建

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发布时间: 2022-7-18 09:24

正文摘要:

请教大家:       最近看文献,看到作者计算过渡金属氧化物采用了非默认的坐标系,如图所示,黑色,把坐标原点由默认的(图中蓝色)角上移到了体心。我试着把计算文件POSCAR按照新坐标体系做了 ...

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lora2021 发表于 Post on 2022-7-31 08:48:12
get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错,但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

不管怎样,十分感谢!很多时候,自己琢磨真的是很辛苦,一个小细节没注意到,就出大问题,还好有你,还好有大家,这个论坛感觉很温暖,加油!!!
lora2021 发表于 Post on 2022-7-31 08:43:50
get-it 发表于 2022-7-30 17:54
其实你的思路没错,但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量

啊,我的天啊,原来如此,有点丢脸
get-it 发表于 Post on 2022-7-30 17:54:59
本帖最后由 get-it 于 2022-7-31 01:03 编辑
lora2021 发表于 2022-7-30 08:42
貌似对了,嘿嘿,十分感谢!您是怎么算出来的哦?我是这样做的:转换矩阵乘以原矩阵,得到想要的结果矩阵 ...

其实你的思路没错,但是vesta中的转换矩阵应该看列矢量而不是行矢量
lora2021 发表于 Post on 2022-7-30 08:42:57
get-it 发表于 2022-7-29 22:13
试试这个矩阵
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貌似对了,嘿嘿,十分感谢!您是怎么算出来的哦?我是这样做的:转换矩阵乘以原矩阵,得到想要的结果矩阵。因为原矩阵是单位矩阵,所以转换矩阵就是想要的结果矩阵,然后就怎么都搞不出来,应该是我的方法有问题,您太厉害了,有没有相关文献啊?我得好好学一下!
get-it 发表于 Post on 2022-7-29 22:13:23
试试这个矩阵
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lora2021 发表于 Post on 2022-7-29 09:30:00
本帖最后由 lora2021 于 2022-7-29 09:33 编辑
CJW 发表于 2022-7-28 11:09
请问这一篇文献可以分享一下吗,谢谢!

10.1021/acs.jpcc.5b00861J. Phys. Chem. C 2015, 119, 21, 11570–11577
CJW 发表于 Post on 2022-7-28 11:09:38
请问这一篇文献可以分享一下吗,谢谢!
lora2021 发表于 Post on 2022-7-28 10:33:57
乘风万里 发表于 2022-7-23 19:04
体积增大但原子数不变么?我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的,你自己检查下新的晶胞看有没有问 ...

谢谢您!我知道要重建坐标系是最好的选择,也认真读了VESTA的使用说明书,但做出来的新晶胞总是不对,感觉体积变化应该影响不大,关键是原子排列不能变,可我新的坐标轴明明也是三轴相互垂直的,可做出来就变了,我感觉错了,找不出问题所在,只好又来请教您了!十分感谢!
乘风万里 发表于 Post on 2022-7-23 19:04:21
lora2021 发表于 2022-7-22 09:46
谢谢您!我今天发现昨天用的VESTA有问题,做出来的晶胞原子数多了4个,今天重新用了一个VESTA,做出来的 ...

体积增大但原子数不变么?我觉得 atoms / volume 在变换过程中是不变的,你自己检查下新的晶胞看有没有问题。具体论文相关的我没有好的建议。
乘风万里 发表于 Post on 2022-7-22 10:47:09
本帖最后由 乘风万里 于 2022-7-22 10:56 编辑
12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您  这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

你看他的截图,TM周围6个O,很明显他要算晶体场相关的PDOS。但是VASP的轨道投影方向是由原胞决定的,原胞的z方向就是投影的z方向。很多时候,TM-O键不是跟坐标轴平行的,PDOS不好分析,把TM-O键旋转到原胞坐标轴方向就好分析了。你可以看看VASP论坛上这个回答:https://www.vasp.at/forum/viewtopic.php?t=18114
lora2021 发表于 Post on 2022-7-22 10:19:17
12342234 发表于 2022-7-21 11:03
请教一下您  这样改坐标的好处或者意义有哪些呢

计算复杂结构的化学成键,须得这样做,不然算出来的PDOS就是错的

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