求助：请问VMD再分析MD的结果的时候可以得到分子团簇的比例嘛？

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xjw

发布时间: 2022-7-18 15:33

各位老师好，请问我利用Gromacs做体系的MD后，想得到下图的数据（锂离子和不同分子形成的团簇在这个体系中的比例），请问这个数据是怎么得到的呢？

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xjw 发表于 Post on 2022-7-20 19:34:10

sobereva 发表于 2022-7-19 15:11
自己写个VMD tcl脚本，循环每个Li，其中每一次用选择语句选择距离Li附近一定距离内的TFSI的氧，根据氧的数 ...

好吧，还没学会写

，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-7-19 15:11:00

自己写个VMD tcl脚本，循环每个Li，其中每一次用选择语句选择距离Li附近一定距离内的TFSI的氧，根据氧的数目对不同配位数Li的累加变量进行累加

xjw 发表于 Post on 2022-7-19 11:15:33

SpongeBob 发表于 2022-7-18 16:10
我是通过gmx select计算所有Li周围0.25nm之内O_TFSI的数量来统计的

那只能统计所有的啊，统计不了几个氧和Li连接吧

SpongeBob 发表于 Post on 2022-7-18 16:10:05

我是通过gmx select计算所有Li周围0.25nm之内O_TFSI的数量来统计的

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