Dragonmk3 发表于 2022-7-19 21:37
老师好，当前我这64个原子应该是有周期性的。在这些原始数据导入到vesta里后，本来是没有这个边界的，而 ...

我不知道你的结构具体怎么跑出来的，如果跑的程序支持周期性，肯定也知道真实的盒子尺寸，自然也就知道晶格常数了

sobereva 发表于 2022-7-19 14:37
当前的原子坐标和盒子关系并不具备正确的周期性，平移复制晶胞后明显会在晶胞之间存在显著空隙。仔细检查计 ...

老师好，当前我这64个原子应该是有周期性的。在这些原始数据导入到vesta里后，本来是没有这个边界的，而且明显是有一个原子是（0,0,0）的原点。但vesta导出poscar或者cif后，好像会处理成一个孤立的体系，盒子边界同时在六个方向扩展了一些。
另外我用的这个动力学软件叫PIMD code，这些数据在这个程序内部处理时没问题，但输出的64个原子就是没有原本应该出现的另一条边界上重复编号的原子。
关于编辑原贴，这个是我的疏忽，抱歉，一开始我准备了两张图，第二张图太大了，于是删掉了第二张图发了主楼，后来发现回复帖里只有第二张图也让帖子过大，才换了一个图回复上来了。

当前的原子坐标和盒子关系并不具备正确的周期性，平移复制晶胞后明显会在晶胞之间存在显著空隙。仔细检查计算过程和文件处理过程

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。