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Gaussian计算的数据如何应用到MS

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wyqms

发布时间: 2022-7-19 14:24

正文摘要:

各位老师好，学生有个疑问：我在用Gaussian计算了一个MOF的团簇原子电荷，现在想将它用到MS中构建的MOF材料中，查阅了相关的文章对其中的一句话不是很明白，不懂作者的操作，如下图。请各位老师指点一下，之前在简单 ...

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wyqms 发表于 Post on 2022-7-22 21:44:16

sobereva 发表于 2022-7-21 11:37
如果你的目的是给M$里原子赋上原子电荷，跟sobtop没直接关系。我也没法回答。
我顶多告诉你对当前体系合 ...

感谢sob老师解答

sobereva 发表于 Post on 2022-7-21 11:37:20

wyqms 发表于 2022-7-19 16:00
感谢sob老师指点，因为您不是很认可MS所以就没敢追问，单就MS而言也是使用sobto产生GROMACS的拓扑文件， ...

如果你的目的是给M$里原子赋上原子电荷，跟sobtop没直接关系。我也没法回答。
我顶多告诉你对当前体系合理的原子电荷怎么算。至于在M$里赋原子电荷的操作，笨办法无疑是手动在图形界面里一个一个设，自动的话得写脚本，或者编辑中间文件什么的，细节我不清楚

wyqms 发表于 Post on 2022-7-19 16:00:43

sobereva 发表于 2022-7-19 15:44
文献里这不是什么普适性的做法
按我之前说的做就完了

感谢sob老师指点，因为您不是很认可MS所以就没敢追问，单就MS而言也是使用sobto产生GROMACS的拓扑文件，再转化吗？如果是的话，该转成什么格式呢？麻烦社长额！

sobereva 发表于 Post on 2022-7-19 15:44:52

文献里这不是什么普适性的做法
按我之前说的做就完了

诸如GROMACS，可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）创建MOF体系的拓扑文件，在assign_AT.dat里定义判断原子类型并同时设置原子电荷的规则。原子电荷就用簇模型算出来的原子电荷。如果是用的Multiwfn算的RESP电荷，可以根据簇结构在计算电荷时施加对称性约束保证等价位点原子电荷一致，下文说了
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

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