求助如何在GROMACS中采用准平衡法模拟溶剂蒸发过程，在每个预定时间内随机去除溶剂

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发布时间: 2022-7-19 16:15

请教各位老师，如何实现文献中提及的GROMACS模拟溶剂蒸汽退火的过程，即：如何实现随机去除一定数量的溶剂，并控制去除的速度呢？在预平衡的mdp文件中加入命令行还是额外写脚本呢？感谢老师原文描述：采用准平 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-11-28 11:28:15

渡边京介发表于 2024-11-27 18:13
老师，像这样处理之后的到的每一步的gro文件，可以在vmd里做成连贯的动画吗

写批处理脚本可以实现

渡边京介 发表于 Post on 2024-11-27 18:13:17

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

老师，像这样处理之后的到的每一步的gro文件，可以在vmd里做成连贯的动画吗

why1314 发表于 Post on 2022-8-19 19:44:43

sobereva 发表于 2022-8-19 12:30
可

谢谢老师我尝试一下

sobereva 发表于 Post on 2022-8-19 12:30:35

why1314 发表于 2022-8-18 20:09
老师，我想用OPLS-AA力场做蒸发，可以么？

可

why1314 发表于 Post on 2022-8-18 20:09:09

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

老师，我想用OPLS-AA力场做蒸发，可以么？

why1314 发表于 Post on 2022-8-18 20:06:36

您好，请问您是用什么力场？蒸发过程跟力场有关系么？我想用OPLS-AA来做蒸发可以么？

吃西瓜的佩奇 发表于 Post on 2022-7-25 14:45:27

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-25 12:48
top文件最后一段是体系中每种分子的数目，因为删除了溶剂，所以要修改溶剂分子的数目

好的，非常感谢老师

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-7-25 12:48:43

吃西瓜的佩奇发表于 2022-7-25 10:47
请问老师，如何用shell脚本对top文件进行修改呢？修改的是哪一部分呢？目前我只能做到修改gro文件

top文件最后一段是体系中每种分子的数目，因为删除了溶剂，所以要修改溶剂分子的数目

吃西瓜的佩奇 发表于 Post on 2022-7-25 10:47:59

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-24 11:49
用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟，然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改， ...

请问老师，如何用shell脚本对top文件进行修改呢？修改的是哪一部分呢？目前我只能做到修改gro文件

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-7-24 11:49:37

吃西瓜的佩奇发表于 2022-7-24 10:34
谢谢老师，我明白了您说的意思，并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用，跑一 ...

用shell脚本调用grompp和mdrun进行一段时间的模拟，然后用shell脚本对得到的gro文件和top文件进行修改，随机删除一些溶剂分子，然后继续调用grompp和mdrun进行模拟，循环多次。至于每次跑多长时间，可以先运行一段时间较长的，分析多长时间能产生溶剂蒸发的效果。

参与人数 Participants 1	eV +2	收起理由 Reason
Acee	+ 2	我很赞同

吃西瓜的佩奇 发表于 Post on 2022-7-24 10:34:04

sobereva 发表于 2022-7-19 23:48
gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

谢谢老师，我明白了您说的意思，并编写了脚本。出现了新的问题是我不知道如何将shell脚本和gmx联用，跑一段停一次并自动对结构进行处理的这一步骤，该如何读取跑的时间呢？

sobereva 发表于 Post on 2022-7-19 23:48:07

gmx没法直接实现，必须自己写诸如shell脚本/程序，跑一段停一次，自动对结构处理，然后续跑

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