dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18 https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4 你好，这个链接点进去失效了，也在文件夹中找不到，请问应该用什么替换呀 |
nanlio 发表于 2023-4-16 18:31 今天白天我装也没成功，晚上打开后进入gmxMMPBSA文件目录，再输入这个命令，好像可以了，可以参考。 |
dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18 python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4 您好，请问为什么我pip老是报错呢？ 显示ERROR: Failed building wheel for ParmEd |
dzdhp 发表于 2022-7-21 08:53 谢谢你的帮助，刚才折腾了一会，把官网指令全copy一遍终于弄好了！  |
uenh1998 发表于 2022-7-20 21:14 gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -cp complex.top -ci index.ndx -cg 11 12 -ct no_pbc.xtc -o energy.dat 其实我也不是很懂，感觉是指令有问题，你试试这个 |
uenh1998 发表于 2022-7-20 14:29 就是官网copy的，canda、pip那个地方，等他显示完整。不好好看官网  |
uenh1998 发表于 2022-7-20 16:34 你这个我也不知道哇  |
uenh1998 发表于 2022-7-20 15:41 是的哈哈哈，你得先激活环境，然后再弄个参数文件，命令是gmx_MMPBSA -- create pb gb decomp,参数设置啥的官网都有的，你多翻翻。 |
frank666 发表于 2022-7-20 15:10 麻烦再打扰一下，是不是每次要用mmpbsa时候，要先conda activate gmxMMPBSA一下才行呢 |
uenh1998 发表于 2022-7-20 14:29 官网里没有这么详细，但是按照上面的同学的代码跑一遍就装上了，我也是这样安装的，装个conda，在conda环境下运行gmx_mmpbsa就可以了 |
dzdhp 发表于 2022-7-20 11:18 这个安装方法有网址说嘛，我貌似没找到 |
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看了一下，感觉你们说的就不是一个东西。楼主说的应该是sob老师推荐的gmx—MMPBSA，回帖说的应该是amber自带的mmpbsa.py，所以说要安装完整的amber。楼主你只需要安装一下ancanda，然后按照官网的canda environment的步骤来就行了，官网给的本来就是不同的安装参考方式，没必要全塞进去，我之前是先安装ancanda，然后用以下指令。 conda update conda conda create -n gmxMMPBSA python=3.9 -y -q conda activate gmxMMPBSA python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/ParmEd.git@v3.4 python -m pip install pyqt5 conda install -c conda-forge mpi4py=3.1.3 ambertools=21.12 compilers -y -q python -m pip install gmx_MMPBSA 楼主可以先把之前安装的清掉，然后按照这个试试。 |
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