计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › Gaussian结构优化后的稳定单体如何计算分子内的氢键？

Gaussian结构优化后的稳定单体如何计算分子内的氢键？

查看数: 2500 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

aeroblues

发布时间: 2022-7-20 17:31

正文摘要:

想请问一下对单体进行了Gaussian几何结构优化后的分子内氢键如何寻找到呢？就是如何画出下图中的橙色虚线部分。我试图用VMD进行分析，可是没有显示出来。这个需要进行扫描么

回复 Reply

aeroblues 发表于 Post on 2022-7-20 23:53:32

sobereva 发表于 2022-7-20 21:32
VMD里用H-bond的drawing method就能显示。默认的几何判断阈值太严，应当适度放宽

另外，用Multiwfn绘制I ...

谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2022-7-20 21:32:41

VMD里用H-bond的drawing method就能显示。默认的几何判断阈值太严，应当适度放宽

另外，用Multiwfn绘制IRI图可以很直观地展现出氢键作用，看
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598（http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register