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含有Pd金属催化的过渡态结构搜索求助

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发布时间: 2022-7-21 09:52

正文摘要:

本帖最后由 z1065480896 于 2022-7-21 09:55 编辑 目前计算Pd金属催化的过渡态,用到了赝势机组,具体可以看gjf文件。过渡态机构示意图如图所示。 1.目前得到的过渡态没有虚频,希望大家看看哪里出 ...

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z1065480896 发表于 Post on 2022-7-22 09:10:08
sai77 发表于 2022-7-22 08:50
你的底物是醇还是醛?
如果是醇,那个氢补上了吗?补上氢,电荷0,自旋多重度1
如果是醛,电荷数就是+1 ...

以图为准,补上氢了,也跑起来了。谢啦
sai77 发表于 Post on 2022-7-22 08:50:19
z1065480896 发表于 2022-7-22 08:36
电荷设置0后,0,1、0,3、0,5 都报错只有0,2开始运行,不知道此体系下自旋多重度设置为2是否合理

你的底物是醇还是醛?
如果是醇,那个氢补上了吗?补上氢,电荷0,自旋多重度1
如果是醛,电荷数就是+1,自旋多重度也是1
z1065480896 发表于 Post on 2022-7-22 08:39:50
sobereva 发表于 2022-7-21 19:08
那叫“基组”
自旋多重度不叫自由度
毫无必要给氢加弥散,仔细看

谢谢社长。还想问一下,此结构下自旋多重度设置为2,电荷设置为0是否合理
z1065480896 发表于 Post on 2022-7-22 08:36:36
z1065480896 发表于 2022-7-22 08:27
好的,谢谢,我再试一试

电荷设置0后,0,1、0,3、0,5 都报错只有0,2开始运行,不知道此体系下自旋多重度设置为2是否合理
z1065480896 发表于 Post on 2022-7-22 08:27:13
sai77 发表于 2022-7-21 21:27
钯正二价,烯丙基负一,氧负一,整个体系是电中性,电荷为0。
输入文件找过渡态没写ts,做的是结构优化, ...

好的,谢谢,我再试一试
z1065480896 发表于 Post on 2022-7-22 08:25:28
chands 发表于 2022-7-21 19:57
不是你这个方向的,插一句。我假定你的Pt是Pt(II),有两个膦作为配体,膦本身净电荷为0,然后有一个烷基作 ...

电荷为1,提交输入文件就报错了。
sai77 发表于 Post on 2022-7-21 21:27:44
本帖最后由 sai77 于 2022-7-21 21:29 编辑

钯正二价,烯丙基负一,氧负一,整个体系是电中性,电荷为0。
输入文件找过渡态没写ts,做的是结构优化,怎么会有虚频?
高烯丙醇跟氧相连的碳少了一个氢,你图里底物是醇,输入文件里是醛
chands 发表于 Post on 2022-7-21 19:57:54
不是你这个方向的,插一句。我假定你的Pt是Pt(II),有两个膦作为配体,膦本身净电荷为0,然后有一个烷基作为配体,烷基带-1,最外面有一个中性的苯酚,总电荷为+1(不是你写的+2),我算对了吗?
sobereva 发表于 Post on 2022-7-21 19:08:36
那叫“基组”
自旋多重度不叫自由度
毫无必要给氢加弥散,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
z1065480896 发表于 Post on 2022-7-21 14:20:10
Lucas_xin 发表于 2022-7-21 13:51
过渡金属最好不用b3lyp,可以用PBE0-D3BJ或者MN15,详见社长的泛函选择帖子。另外你这个结构是过渡态还是中 ...

算的应该是过渡态,关键词搞忘加了,我再试试,谢谢哈
Lucas_xin 发表于 Post on 2022-7-21 13:51:49
过渡金属最好不用b3lyp,可以用PBE0-D3BJ或者MN15,详见社长的泛函选择帖子。另外你这个结构是过渡态还是中间体?如果是过渡态得用opt=TS关键词啊。在几何优化时候可以不用加溶剂,到算高精度单点能时候再加溶剂,加了溶剂也得用SMD溶剂模型。基组优化时候6-31g**+SDD可以,单点能用6-311++g**了把Pd换用def2TZVP吧。

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