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求助gmx_MMPBSA对轨迹文件的要求

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uenh1998

发布时间: 2022-7-21 16:28

正文摘要:

今天试着对之前跑的蛋白配体复合物做gb能量分解计算，命令为gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 19 -ct md.xtc -lm cht.mol2 -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_ ...

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uenh1998 发表于 Post on 2022-7-22 08:28:04

frank666 发表于 2022-7-21 21:30
试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

谢谢！我试试

uenh1998 发表于 Post on 2022-7-22 08:26:55

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

谢谢！我试试

uenh1998 发表于 Post on 2022-7-22 08:26:08

5撇到3撇发表于 2022-7-22 00:16
用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

Amber14SB+GAFF

5撇到3撇 发表于 Post on 2022-7-22 00:16:04

用什么力场跑出来的轨迹？我先前用gromos力场跑的轨迹计算mmpbsa 也报错不能算

frank666 发表于 Post on 2022-7-21 21:30:03

试试把拓扑文件也一起导入，命令行加上这一句-cp topol.top

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