zouguo 发表于 2024-5-2 16:35
请问，问题解决了吗？
我的结构已经用gaussian算得最优构型了，想保持这个构型不变，然后看他的组装和聚集 ...

您好，请问解决了吗？我也想要这样做，结果跑出来拉伸过程中小分子已经分开了。请问怎样解决的

请问，问题解决了吗？
我的结构已经用gaussian算得最优构型了，想保持这个构型不变，然后看他的组装和聚集，平动转动。请问参数文件md.mdp，npt.mdp，nvt.mdp，em.mdp是怎么设置的啊，能说下详情吗？

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-4 20:13
结构不仅取决于键长键角二面角，也与非键相互作用有关，键长键角一般是不变的，但是二面角比较弱，是可以 ...

谢谢~

Kelly00 发表于 2022-8-4 19:52
谢谢回复~我尝试对二面角力常数扩大1000倍，但聚合物链形成的小球在靠近水相还是散开了。。我在plumed官 ...

结构不仅取决于键长键角二面角，也与非键相互作用有关，键长键角一般是不变的，但是二面角比较弱，是可以变化的，最低能构象中的二面角能量不一定是最低的，同时考虑非键相互作用能量才是最低的，所以如果加大二面角的力常数，让二面角处于能量最低状态，反而可能会让结构偏离低能构象，所以如果要约束二面角应该用dihedral restraint，给二面角加上简谐势，https://manual.gromacs.org/curre ... dihedral-restraints
plumed:

1. rmsd: RMSD ... # calculate RMSD
   
2. REFERENCE=ref.pdb # the reference structure which only contains the atoms you want to calculate
   
3. TYPE=OPTIMAL # remove COM transformation and rotation before calculation
   
4. ...
   
5. 
   
6. # How to get the reference PDB ?
   
7. # The reference PDB should contains the index and positions of atoms,
   
8. # and the index should be the same as what gromacs reads in.
   
9. # gmx editconf -f md.tpr -o tmp.pdb
   
10. # Usually we only calculate with C-alpha.
    
11. # grep CA tmp.pdb > ref.pdb
    
12. # Then delete the atoms we do not want to use.
    
13. 
    
14. restraint: RESTRAINT ... # restraint
    
15. ARG=rmsd # restraint was applied to RMSD
    
16. KAPPA=10.0 # the strength of restraint, try different values to find a good one
    
17. AT=0.0 # prevent RMSD from rising
    
18. ...
    
19. 
    
20. # write the values of RMSD and the bias every 500 steps
    
21. PRINT ARG=rmsd,restraint.bias FILE=log.txt STRIDE=500

复制代码

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-2 19:11
用amber可以实现对RMSD的约束，如果约束与参考构象的RMSD为0，就可以使构象不变而整体位置可以变化，用gr ...

谢谢回复~我尝试对二面角力常数扩大1000倍，但聚合物链形成的小球在靠近水相还是散开了。。我在plumed官网找了一下约束RMSD的内容，没有看到相关的例子，可以说得更具体一些吗？

Kelly00 发表于 2022-8-2 18:33
社长，我想实现一个聚合物链团成的小球各原子间相对位置基本不变，但是整体可以运动，有什么好的方法吗， ...

用amber可以实现对RMSD的约束，如果约束与参考构象的RMSD为0，就可以使构象不变而整体位置可以变化，用gromacs结合plumed插件也可以实现对RMSD的约束。在gromacs中给所有二面角加约束应该也能保持构象基本不变。

sobereva 发表于 2022-7-21 18:33
constraints = all-angles显然没用，这是约束键角，而影响整体构象的是二面角的变化

加一些距离限制势维 ...

社长，我想实现一个聚合物链团成的小球各原子间相对位置基本不变，但是整体可以运动，有什么好的方法吗，用grompp生成距离限制计算，提示限制数超过自由度，还是说只能找一些原子限制、没办法做到完全相对静止？

landian666 发表于 2022-7-23 15:41
手册我也看了，还是没找到错误，按着你说的设置了一下，low=目标距离=up1，报错还是一样的， ...

我没有遇到过类似的问题，不过可以用mdp选项中的pull得到类似的效果

landian666 发表于 2022-7-23 08:57
是i ，j列的原子序号问题吗？ 一般有什么需要注意的原则吗，我是用vmd量了同一个分子的四对原子，来控制 ...

https://manual.gromacs.org/2022/ ... distance-restraints
https://manual.gromacs.org/2022/ ... distance-restraints
参考手册即可。另外你的约束设置好像不对，low以下是简谐势，low和up1之间没有外加约束，up1和up2之间是简谐势，up2以上是线性的，所以约束距离不变应该是low=目标距离=up1

sobereva 发表于 2022-7-22 20:14
估计是序号问题

是i ，j列的原子序号问题吗？ 一般有什么需要注意的原则吗，我是用vmd量了同一个分子的四对原子，来控制三角的形状。

landian666 发表于 2022-7-21 22:13
我试了距离限制，拓扑中写入
在mpb中写入

估计是序号问题

constraints = all-angles显然没用，这是约束键角，而影响整体构象的是二面角的变化

加一些距离限制势维持整体形态