为什么计算精氨酸和水的rdf总是小于1

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发布时间: 2022-7-26 00:34

本人计算初学者，按照文献想计算精氨酸上酰胺键的O和水中O的rdf图，模拟结果中rdf总是小于1，没有显示氢键的峰一步步寻找问题四五天了，不知道是哪里出错，请大家帮忙看看，万分感激！ rdf图对比：左自己模 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-7-26 03:16:21

把问题简化，先只统计一个分子上的氧和OW的rdf。也统计羧基的氧看看是什么情况

另外，当前模拟并不合理，在水中，此体系的羧基应该是质子解离状态，氨基应当是质子化的状态

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