qq1020935287 发表于 2022-7-27 00:33
我好像明白了，请问能否通过umbrella实现被控组的匀速拉动？我现在认知里umbrella是通过控制弹簧与牵引组 ...

理论上可以用constraint，但是容易报错

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-26 21:02
这个参数设置的运行过程是大概是这样的（我说的内容细节上可能不完全对），在X方向上(pull-coord1-dim = Y  ...

我好像明白了，请问能否通过umbrella实现被控组的匀速拉动？我现在认知里umbrella是通过控制弹簧与牵引组的距离来调节拉力的，也就是说只能对拉力进行控制，没法直接对被控组控制，我如果想得到蛋白形变和受力的关系是不是应该用constraint方式控制？这样冻结蛋白两侧，使两侧匀速移动从而监测力与位移的数据？

这个参数设置的运行过程是大概是这样的（我说的内容细节上可能不完全对），在X方向上(pull-coord1-dim = Y N N)计算指定的两组(pull-coord1-groups)之间的距离，与参考距离(pull-coord1-init = 15)比较，按照伞形势(pull-coord1-type = umbrella)计算应该施加的力，然后把算出的力施加到指定方向上(pull-coord1-vec= -1.0 0.0 0.0)，在模拟过程中，参考距离会缓慢变化(pull-coord1-rate = 0.01)。
因为初始的参考距离15太大了，实际上一开始只有9左右（相当于弹簧形变量为15-9），所以受到的力非常大，很快就到了离参考值比较近的状态，力也随之很快减小，因为参考值在模拟中缓慢增大，而这时力很小，距离的变化跟不上参考值的变化，所以力又开始增大。