计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

求助:Gaussian计算是否还在进行

查看数: 3509 | 评论数: 8 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2022-7-27 19:54

正文摘要:

各位老师大家好,请教一下大家计算频率的任务卡在这挺久了(计算积分二阶导数),一天多了,任务是不是还在算,是不是因为体系太大(2000多个原子,用了ONIOM模型,High层80个原子,B3LYP-D3/6-311g(d,p),Low层20 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2022-7-28 20:49:55
wangy0822 发表于 2022-7-28 09:19
是不是因为我的opt和freq是分开算的,导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样, ...

跟这没关系
opt freq相对于opt和freq单独做来说,唯一省时间的在于freq时默认读取opt最后产生的波函数当初猜。自己写guess=read也一样

如果没有对相对小一些的体系在同等级别下计算成功的经验,不要一下子就算巨大体系,否则什么时候能算完心里完全没数
wangy0822 发表于 Post on 2022-7-28 11:04:10
本帖最后由 wangy0822 于 2022-7-28 11:06 编辑
乐平 发表于 2022-7-28 10:58
2000多个原子当然很慢

你 ssh 登录到计算节点,输入 top 看看是不是有 l1002 的计算进程。

感谢您的解答,Gaussian任务正在运行,在等等看吧,我在优化和频率计算时已经把Low层固定了
乐平 发表于 Post on 2022-7-28 10:58:05
本帖最后由 乐平 于 2022-7-28 11:02 编辑
wangy0822 发表于 2022-7-28 10:41
感谢您的解答,因为我现在不知道是不是因为这个原因导致的卡在这很久,或者是因为体系太大计算这部分本身 ...

2000多个原子当然很慢

你 ssh 登录到计算节点,输入 top 看看是不是有 l1002 的计算进程。
如果有,就说明在进行频率计算。
至于要算多久,取决于 CPU,内存,以及你计算体系的大小(原子个数)。
当然还要看硬盘空间是否充足(能否临时保存较大的 .rwf 文件),如果硬盘空间不足,可能计算中途会断掉。

我不太清楚能不能不计算 Low 层的 2080 个原子的频率……
wangy0822 发表于 Post on 2022-7-28 10:41:08
乐平 发表于 2022-7-28 10:34
你可以在输入文件里读 .chk 文件里的信息

%chk= 你之前 opt 得到的 .chk 文件名

感谢您的解答,因为我现在不知道是不是因为这个原因导致的卡在这很久,或者是因为体系太大计算这部分本身就比较慢。所以不知道是继续等着还是怎么办
乐平 发表于 Post on 2022-7-28 10:34:19
wangy0822 发表于 2022-7-28 09:19
是不是因为我的opt和freq是分开算的,导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样, ...

你可以在输入文件里读 .chk 文件里的信息

%chk= 你之前 opt 得到的 .chk 文件名
# 开头的一行加上 goem=check guess=read
wangy0822 发表于 Post on 2022-7-28 09:19:44
是不是因为我的opt和freq是分开算的,导致freq时没有之前opt的计算积分一阶导数所以比较慢

如果是这样,那能不能把优化最后一帧拿出,再做opt freq
wangy0822 发表于 Post on 2022-7-27 20:40:19
wzkchem5 发表于 2022-7-27 20:30
用top或者ps aux可以看高斯是否还在运行

您好,Gaussian还在运行,这样是不是就是正在计算频率,只是比较慢,等着就行了。
wzkchem5 发表于 Post on 2022-7-27 20:30:17
用top或者ps aux可以看高斯是否还在运行

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 16:55 , Processed in 0.174306 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list