LBH0532 发表于 2022-8-10 12:02
不好意思 没说明白 ncAA指的是非天然氨基酸
我当前比较困惑的点是以sobtop生成的基于gaff力场的itp/top ...

不兼容CHARMM的磷脂。看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2
用兼容AMBER力场的磷脂力场，诸如Lipid、Slipids

sobereva 发表于 2022-8-10 11:14
1 我不知道你说的ncAA是什么，和N也没直接联系

2 用sobtop产生拓扑文件，看里面和聚合物有关的例子

不好意思 没说明白 ncAA指的是非天然氨基酸
我当前比较困惑的点是以sobtop生成的基于gaff力场的itp/top和charmm-gui自动给出的钠离子/氯离子/磷脂分子的基于charmm36的itp是兼容的吗？

LBH0532 发表于 2022-8-10 10:59
谢谢sob大，目前又遇到几个问题，
1.我做了一个三聚体，通过电荷约束获得了中间单体的RESP电荷后,发现大 ...

1 我不知道你说的ncAA是什么，和N也没直接联系

2 用sobtop产生拓扑文件，看里面和聚合物有关的例子
http://sobereva.com/soft/Sobtop

sobereva 发表于 2022-7-30 01:51
1 够
2 可以用
3 gmx helix是分析蛋白质螺旋的，不用于一般的聚合物的分析。如果你的聚合物是多肽一类的 ...

谢谢sob大，目前又遇到几个问题，
1.我做了一个三聚体，通过电荷约束获得了中间单体的RESP电荷后,发现大部分教程只有添加ncAA残基的部分，我的聚合物主链是-c=c-c=c-单双键交替的聚炔，其中没有N，是否能够正常添加到charmm36并被识别？
2.如果不能添加残基，为了计算简便，我们计划只做20个聚合度左右的分子，但是结构优化使用chem3D的MM2 动力学优化肯定不合理，使用gaussian opt的话，原子数目会上到3-400，速度太慢。能否使用网页版acpype先把拓扑做出来，然后把三聚体对应位置原子电荷和结构替换进去？

1 够
2 可以用
3 gmx helix是分析蛋白质螺旋的，不用于一般的聚合物的分析。如果你的聚合物是多肽一类的，只要MD能跑出来螺旋就可以分析