求助：水分子氢键个数的占比问题

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发布时间: 2022-8-1 03:39

各位老师好，我想观察在水溶液中，形成不同氢键数的水分子数量分布（即，形成1、2、3、4个氢键水分子的个数）。使用命令为： gmx hbond -f traj0.gro -s md.tpr -num hbond_nu ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-1 22:01:42

luffys 发表于 2022-8-1 13:42
这是不是和选择组有关呢，我选择的两个group分别分别是OW-HW1和OW-HW1，所以体现的是水里每个O-H的氢键数 ...

水有两个O-H，而且体系里所有O-H又都是等价的，乘以2就完了

luffys 发表于 Post on 2022-8-1 13:42:03

sobereva 发表于 2022-8-1 05:14
这体现的不是每个水形成的氢键数，而是水里每个O-H形成的氢键数

这是不是和选择组有关呢，我选择的两个group分别分别是OW-HW1和OW-HW1，所以体现的是水里每个O-H的氢键数？

请教一下老师，我想计算每个水形成的氢键数，可以实现么？又应该怎样选组呢？（我试了一下OW-HW1和HW2，以及SOL和SOL，这两种都不对的样子）

sobereva 发表于 Post on 2022-8-1 05:14:23

这体现的不是每个水形成的氢键数，而是水里每个O-H形成的氢键数

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