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集群配置讨论

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发布时间: 2022-8-5 23:21

正文摘要:

先上硬件配置清单, 某网友提供. 网友描述, 应用场景涉及分子动力学和药物设计模拟等计算. 从硬件规格来看: 8375C一颗, 配置4条16GB内存, 240GB SATA固态做系统+软件, 2TB NVMe固态应该做读写缓存, 8个 ...

回复 Reply

abin 发表于 Post on 2022-9-16 15:24:05
wwjie 发表于 2022-9-16 13:50
8375c确实涨价厉害。所以卖家推荐8369b,不知道您有没有了解这个型号的cpu,性价比怎么样。:ha ...

没用过, 没测试过, 不敢妄加评论.

如有兴致, 自己看参数猜测吧.

https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_Intel_Xeon_processors_(Ice_Lake-based)

从历史经验来开, 过分追求性价比, 可能会更加糟糕的.
wwjie 发表于 Post on 2022-9-16 13:50:22
abin 发表于 2022-9-16 09:58
多于两台机器, 就需要交换机, 无论是采用以太网还是IB网络.

IB的交换机比较贵, 二手的价格可能比较实 ...

8375c确实涨价厉害。所以卖家推荐8369b,不知道您有没有了解这个型号的cpu,性价比怎么样。
abin 发表于 Post on 2022-9-16 12:05:33
wwjie 发表于 2022-9-16 11:33
谢了,很详细的建议。问一下,AMD的128核机器怎么样啊?128核的机器可不可以分开两个64核, ...

没用过AMD, 不清楚.

可以参考
https://gitee.com/hpc4you/linux
提到的讲座视频.
wwjie 发表于 Post on 2022-9-16 11:33:33
abin 发表于 2022-9-16 09:58
多于两台机器, 就需要交换机, 无论是采用以太网还是IB网络.

IB的交换机比较贵, 二手的价格可能比较实 ...

谢了,很详细的建议。问一下,AMD的128核机器怎么样啊?128核的机器可不可以分开两个64核,同时算两个任务啊。我想就我一个人用,一台机器能搞定的话就不要弄多台了。
abin 发表于 Post on 2022-9-16 09:58:08
本帖最后由 abin 于 2022-9-16 10:06 编辑
wwjie 发表于 2022-9-16 08:40
lz,咨询一下,主用QE和vasp,一个人用,预算10左右,怎么配比较好。

下面是我之前咨询别人给的两个方案 ...

多于两台机器, 就需要交换机, 无论是采用以太网还是IB网络.

IB的交换机比较贵, 二手的价格可能比较实惠, 需要自己去咸鱼购买.

双机迷你集群, 这是我提出来的架构方案. 更多描述可以看 hpc4you.github.io 页面.

如果所有的计算任务都在单一节点运行的话, 不必使用IB网络.

VASP和QE, 对硬盘I/O没啥明显要求,
所有, 你完全可以采用普通千兆或者万兆网络来实现小型集群配置.

我也有调优方案, 可以让VASP通过普通的万兆光纤, 双机并行效率保持在80%左右,
但是调试成本, 可能比购买咸鱼IB网卡略贵呢. 建议通过硬件方案解决.

恰好, 这几天, 刚刚协助“不知名”网友调试过具有IB设备的小型集群, 也是跑VASP.
(注意, 这里的不知名, 是指对方未告知姓名, 所以我不晓得是谁)

咸鱼货的确很便宜, 但是卖的人和买的人, 都不晓得, 这个东西能不能用...
这不就碰到, 对方买的IB卡有问题....无法启用IB模式....第二次, 其中一个端口不稳定...第三次, 才成功.
还有另一个网友, 买家给的线缆是错误, 还得我给卖家和买家一起普及线缆知识....真是无奈.

再说一次, 不需要多节点并行的话, 不必使用IB网络, 普通以太网就行了.
如有频繁读写操作, 使用local-I/O配置.

祝好.

另, 听闻最近8375C涨价很厉害, 可以替换为同系列其他的处理器呀.
biogon 发表于 Post on 2022-9-16 09:55:10
本帖最后由 biogon 于 2022-9-16 09:57 编辑
wwjie 发表于 2022-9-16 08:40
lz,咨询一下,主用QE和vasp,一个人用,预算10左右,怎么配比较好。

下面是我之前咨询别人给的两个方案 ...

三台机器三角形拓扑就完了,不需要交换机,交换机现在都是N手的机器了,出故障没有厂家保修
wwjie 发表于 Post on 2022-9-16 08:40:26
lz,咨询一下,主用QE和vasp,一个人用,预算10左右,怎么配比较好。

下面是我之前咨询别人给的两个方案,您看一下是否符合我的应用场景。
1. 两台工作站,每台配置64核心的Intel第三代铂金CPU,256GB内存,1张ib网卡。用ib网线连接起来,组成一个双节点的小型集群。费用大概8万左右。
2. 三台工作站,每台配置与上述相同,但是需要增加一台ib交换机。可以选择56Gb带宽的二手ib交换机。组成一个三节点的小型集群,总费用可能会略超12万

一般都不跨节点跑,ib网卡是否是必要的,还有我看您在别的帖子说有双机迷你集群方案不知道是不是类似于这里的第一个方案。

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