模拟二氧化硅晶体和水溶液的界面体系的参数问题请教（已经解决））

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发布时间: 2022-8-7 18:32

本帖最后由牧生于 2024-11-25 17:18 编辑 2024.11.25注：已经解决该问题。 sobtop中的参数是SiO2内部参数，不涉及边缘的处理，所以直接用sobtop里面参数做表面模拟是不行的。正确方法是，把SiO2的其中一个 ...

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牧生 发表于 Post on 2025-10-29 18:36:34

ZZH0711 发表于 2025-10-29 17:29
大佬您好，我同样遇到了您之前你遇到的问题，即无法分析二氧化硅和水界面体系。请问如何将建好的二氧化硅某 ...

使用gview，或者MS就可以给某个面自动加氢，然后使用sobtop得到top文件
看这个帖子的操作
http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

ZZH0711 发表于 Post on 2025-10-29 17:29:46

本帖最后由 ZZH0711 于 2025-10-29 20:11 编辑

已解决

zhangxinyou 发表于 Post on 2024-11-29 12:22:40

您好您给的参数格式不是sobtop吧
请问怎么使用那个参数呢

zhangxinyou 发表于 Post on 2024-11-26 16:04:47

您好这种应该算是羟基化的SiO2了吧。我请教下单独的SiO2怎么模拟呢
我有尝试过，单独的SiO2跑动力学都没问题，但如果用packmol或者gmx生成的结构文件做em都会报错

牧生 发表于 Post on 2024-11-25 17:17:15

zhangxinyou 发表于 2024-11-25 17:02
你好您这个问题解决了吗？我在对SiO2晶体做能量最小化的时候也遇到了类似的问题

看我的重新编辑过的帖子。

zhangxinyou 发表于 Post on 2024-11-25 17:02:26

你好您这个问题解决了吗？我在对SiO2晶体做能量最小化的时候也遇到了类似的问题

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