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CGenFF生成有机小分子文件后运行python脚本报错求助

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zerochan

发布时间: 2022-8-7 18:56

正文摘要:

本帖最后由 zerochan 于 2022-8-7 19:01 编辑问题简单化：Gromacs进行模拟时，用CGenFF生成有机小分子文件后运行python脚本报错提示重构工具解析错误，尝试各种方法都没有成功，垦请各位老师同学指点一二。 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-12 06:35:41

zerochan 发表于 2022-8-11 17:52
sob老师是指同一个整体分子可以用不同力场生成拓扑文件，然后再改写对应力场的指定写法（指兼容）进行拼 ...

显然不是一个“整体分子”，而是体系中不同类型的分子

zerochan 发表于 Post on 2022-8-11 18:00:44

喵星大佬发表于 2022-8-8 14:41
charmm-gui可以很容易的完成

但是我申请了邮箱一直没有收到激活邮件，都使用不了，我看还有一个FFParam的东西，但是他们都使用Python编写的，我也不知道为啥我用CGenff生成的东西用不了python脚本，也不知道哪里出错，使用其他py文件都可以，就这个一直报错重构错误，不知道是不是我装得python有问题，感觉应该不是脚本的问题，刚接触还有很多不懂。还有，谢谢喵星大佬的回复，谢谢。

zerochan 发表于 Post on 2022-8-11 17:52:43

sobereva 发表于 2022-8-8 05:10
这种体系用AMBER描述蛋白质、GLYCAM描述糖、GAFF描述小分子、Lipid或Slipids描述生物膜，再加上TIP3P描述水 ...

sob老师是指同一个整体分子可以用不同力场生成拓扑文件，然后再改写对应力场的指定写法（指兼容）进行拼接是吗？还有非常感谢sob老师的回复，刚学习没多久，资料还没看足，等深化学习再进行尝试。再次谢谢！

喵星大佬 发表于 Post on 2022-8-8 14:41:54

charmm-gui可以很容易的完成

sobereva 发表于 Post on 2022-8-8 05:10:53

这种体系用AMBER描述蛋白质、GLYCAM描述糖、GAFF描述小分子、Lipid或Slipids描述生物膜，再加上TIP3P描述水，就可以跑得很好，互相都是兼容的。图方便可以靠AmberTools的leap创建拓扑文件，再用acpype之类转成gmx的拓扑文件格式

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