请问如何计算蛋白质跟跟水，还是极性分子溶剂作用更强

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发布时间: 2022-8-8 15:32

就是做了一个突变体，想看该位点突变前后，是与水的作用力强，还是与极性分子的作用力强。（蛋白质至于50%的醇/水溶液）之前统计过该位点附近的水/醇数目，发现说明不了问题请问有木有较好的计算方法

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-17 18:27:34

azero 发表于 2022-8-12 10:38
Sob老师，我又翻了翻论坛的帖子和手册。计算RDF的分母是要统计的组的平均密度
但是在野生型和突变的酶中 ...

应当注意明确被选择的组是什么。rdf是把被选择的组里每个原子都当做被统计的粒子，不是以分子为单位来算的

sobereva 发表于 Post on 2022-8-12 06:36:27

azero 发表于 2022-8-11 21:21
sob老师，我尝试使用RDF统计该残基突变前后时醇分子分布的曲线
RDF的坐标毕竟不是百分比，
这两条曲线 ...

只统计密度，不要除以平均密度。周期性体系的rdf一般都是除以被统计对象在盒子里的平均密度的

sobereva 发表于 Post on 2022-8-10 07:43:00

考察位点附近的水/醇分子的数目原理上是可以的，说明不了问题应当具体交代

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