sobereva 发表于 2022-8-10 07:17
这就是我培训里的例子

卢老师您好，
按照您的方法，进行了二面角扫描（图1），分别扫描图2中两个二面角均可以实现了构型的翻转。
取最高点的结构进行过渡态搜索时，搜索到过渡态虚频只有-4.0左右。多次尝试不同的过渡态初猜，还是搜到同样的过渡态。
用IRC去验证过渡态，跑了两个点就停止了（图3），按照帖子http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html，尝试增大步长，1-500，甚至1000均不能跑出完整IRC，尝试不同泛函和基组也不起作用，而取IRC两端点分别优化之，就可以优化到相应的产物和反应物。
尝试downhill计算，也是跑两个点停止了，增大或减小步长，也跑不出完整的路径来。
肉眼看着过渡态挺合理的，只是跑不出完整的IRC来，卢老师，您来指点一下吧。
附件是其中的一个Gaussian的IRC输出文件。

谢谢！

sobereva 发表于 2022-8-10 07:17
这就是我培训里的例子

谢谢社长！！

这就是我培训里的例子

QuantumicGuy 发表于 2022-8-9 14:22
对于helicene的过渡态搜索，我的做法一般是：
①先优化P/M结构；
②然后用Chem3D工具栏里的拖拽原子功能 ...

好的好的谢谢老师，我看看这篇文献先）

sai77 发表于 2022-8-9 14:30
尝试扫了几次都没成功，暂时没什么头绪。
不过感觉翻转过程中NN键会断开，而且除了NN轴旋转，连带的所有 ...

好的好的谢谢老师，我试试看）

Chris——szk 发表于 2022-8-9 09:55
好的谢谢老师！最上面这个结构（优化好的结构）可以发您帮忙看一下嘛，谢谢老师！

尝试扫了几次都没成功，暂时没什么头绪。
不过感觉翻转过程中NN键会断开，而且除了NN轴旋转，连带的所有的联芳基碳碳轴都要相应旋转，才能实现构型翻转，要扫描出初猜可能有点困难。
可以尝试直接建模，NN键打开，把所有碳碳轴旋转到近似平面的位置，看看能否找到过渡态

对于helicene的过渡态搜索，我的做法一般是：
①先优化P/M结构；
②然后用Chem3D工具栏里的拖拽原子功能拖拽末端芳环原子构建过渡态结构初猜；（如P->M，如果分子没有对称性，那么末端芳环（假定为A, B片段）可能为：把A拽上来/把B摁下去两种）
③用Gaussian的TS搜索过渡态；（a. 并监测结构是否朝着合理的方向走，如果不合理，取某一帧较合理结构重算/重新构建过渡态初猜结构。b. 如果初猜没把握，先用便宜的级别算，然后取合理的一帧再用较高级别算。）
④检查虚频振动。

这种8字型的分子Jishan Wu课题组发过一篇可以参考一下：J. Am. Chem. Soc. 2021, 143, 15924–15929. 我记得SI里好像有相关的计算。

sai77 发表于 2022-8-9 08:35
做过螺烯的消旋过渡态寻找，这类分子的过渡态基本都是你图上TS那个结构，所以直接在GaussView里构建就行了 ...

好的谢谢老师！最上面这个结构（优化好的结构）可以发您帮忙看一下嘛，谢谢老师！

做过螺烯的消旋过渡态寻找，这类分子的过渡态基本都是你图上TS那个结构，所以直接在GaussView里构建就行了。
实在需要做势能面扫描，可以尝试旋转图里这根轴

上面那个大环分子不清楚，感觉也可以尝试扫旋转轴，不过可能需要同时扫对应的两根轴