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请问用PR压浴跑产生相无法达到目标压力怎么办？

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高处裹棉被

发布时间: 2022-8-9 15:03

正文摘要:

本帖最后由高处裹棉被于 2022-8-9 15:04 编辑各位老师好，我在跑一个超临界CO2+聚合物的体系，设置了2w原子左右的box，3000个CO2分子和四条聚合物链，盒子边长在9nm左右对于平衡相我设置Berendsen压浴，ta ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-10 06:53:12

不排除模拟有其它问题的可能，但光从压浴来说，可以考虑2021版开始加入的C-rescale，原理上比Berendsen和PR压浴都更好

有超临界CO2的体系一般建议NVT，取恰当的盒子尺寸以达到合适的压力。对可压缩系数较大的体系，一般的靠控压往往难以维持好盒子。

tau_p设大没有关系，本身PR压浴和Berendsen压浴的tau_p就没有可比性，而且关键看的是压力能平均维持的值，能达到控压的实际目的即可。

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高处裹棉被	+ 1	谢谢

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Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-8-9 18:18:24

最好不要用Berendsen，因为berendsen不是严格的NPT系综，除非是做正式模拟前的预平衡，或者想要研究的是非平衡的过程。参考手册Berendsen部分最后一段。
https://manual.gromacs.org/curre ... n-pressure-coupling
可以尝试继续增大时间常数，因为Parrinello-Rahman的时间常数一般需要设置为Berendsen的4-5倍。参考手册Parrinello-Rahman部分最后一段。
https://manual.gromacs.org/curre ... n-pressure-coupling

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