基于python生成蛋白质-配体簇模型刚性扫描的gaussian输入文件[班门弄斧]

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发布时间: 2022-8-9 19:33

本帖最后由 casea 于 2022-8-11 09:19 编辑 **2022/8/11更新：附件中提供了gui和命令行版本的py文件** 最近在学习复现一篇使用簇模型研究转氨酶反应机理的文献https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2 ...

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laoman 发表于 Post on 2022-9-23 03:03:57

Sob老师那篇博文的刚性扫描都是线性体系或者小分子体系。酶结合底物的地方从RC到TS的扫描能用刚性扫描吗？随着成键体系反应坐标的距离越来近（或者越来越远，断键的体系），底物的其他部分大概率还是会和结合口袋的残基产生重合，重合的这部分会引起势能的急剧增高，这必定会影响TS坐标的确定啊

乐平 发表于 Post on 2022-8-10 16:05:26

sobereva 发表于 2022-8-10 07:03
目前论坛对gif的限制是600KB

了解，谢谢Sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-8-10 07:03:57

乐平发表于 2022-8-9 21:39
好奇你的 GIF 动图是如何上传的。

我之前上传的时候传不上去，文件也不算太大（1.6 MB）……

目前论坛对gif的限制是600KB

casea 发表于 Post on 2022-8-9 21:46:56

乐平发表于 2022-8-9 21:39
好奇你的 GIF 动图是如何上传的。

我之前上传的时候传不上去，文件也不算太大（1.6 MB）……

就很正常的上传，可能是因为大小的问题。gif太大，服务器响应不过来

乐平 发表于 Post on 2022-8-9 21:39:21

好奇你的 GIF 动图是如何上传的。

我之前上传的时候传不上去，文件也不算太大（1.6 MB）……
Sob 老师还说即使上传 GIF 了也会添加水印，就不能显示运动的效果……

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