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关于伞形采样数据收集阶段参数设置的问题

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发布时间: 2022-8-10 20:00

正文摘要:

各位老师好,请问在伞形采样结束,对每个窗口完成弛豫后的MD阶段一般跑多长时间的盒子?我用一个分子从真空穿越油层、界面处直到水层,想算一下自由能变,但是最终的结果波动较大,如图所示8nm以后的均为水层,感觉 ...

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Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-8-11 14:43:20
只看这个图似乎没有问题,如果你认为6nm到7nm之间的波动是不正常的,可以取6nm和7nm处的构象开始模拟,看看会不会向6.5nm变化。

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