你这个Pd在石墨烯上的存在方式有大问题，你这个Pd原子单靠一个Pd-C键是不可能稳定的

从截图的结构来看，你计算的是吸附分子在石墨烯表面的催化反应吧？
你的真空层厚度有 20 Å 应该足够了。有可能是相邻周期里的吸附分子之间的相互作用造成的警告。

你可以在空白处点击鼠标右键，在弹出的对话框中选择 Lattice 选项卡，将 a， b 两个方向增加晶胞为 2 显示相邻的晶胞，然后用距离工具量一下相邻晶胞里的吸附分子之间的最小距离。 至少 15 Å 的距离才能保证相邻两个晶胞的小分子之间没有相互作用。