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求助:pdb2gmx生成的top文件中没有参数,不晓得是什么原因

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发布时间: 2022-8-12 14:03

正文摘要:

各位大佬,本人是使用gromacs的新人小白,跟着网上的教程尝试生成top文件时,发现生成的top文件中没有kb,b0等参数,不晓得是什么原因,望各位大佬给予指点!!!!

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Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-8-12 21:27:50
在top文件里面有 #include “charmm27.ff/forcefield.itp"
在力场文件的目录下找到这个文件,里面有 #include "ffbonded.itp" 和 #include "ffnonbonded.itp"
力场参数在这两个文件里,如果不用默认参数才需要另外写,一般都是用力场提供的参数,所以初学者不需要知道这种细节。
先把教程做完,弄清楚每个步骤的目的更重要。

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