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已解决：轨迹调整后结构不在盒子中心

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wyfgg

发布时间: 2022-8-17 20:01

正文摘要:

本帖最后由 wyfgg 于 2022-9-20 16:15 编辑各位老师好，我对表面活性剂的体系进行了100ns的模拟，并采用以下命令输出了xtc轨迹gmx trjconv -s md1.tpr -f md1.xtc -n index2.ndx -o md1n.xtc -pbc mol -center ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-18 11:26:52

光写个-center起不到作用。得先结合-pbc cluster处理，让特定部分保持完整，之后的trjconv才能-center然后选这个组使之居中

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