gromacs中g_mindist命令计算接触数的原理是什么？

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发布时间: 2022-8-18 15:42

我用(g_mindist -f md.xtc -s md.tpr -b 100000 -e 100000 -on)计算了一个小分子在截断半径0.2nm内的水分子数，计算结果显示为10个水分子，随后我用pymol和vmd去可视化截断半径为0.2nm内的水 ...

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tangzi_via 发表于 Post on 2022-8-22 15:35:39

这样吗？请教一下那有没有办法可以计算一下随时间变化的接触的水分子数呀？

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-8-18 17:54:44

-on输出的是contact数目，不是分子数目，如果某个水分子离小分子的两个原子都很近就算2个。

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