计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 第一性原理 (First-principles) › 关于使用cp2k软件计算表面静电势图的问题

关于使用cp2k软件计算表面静电势图的问题

查看数: 4936 | 评论数: 7 | 收藏 Add to favorites 2

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

wwl

发布时间: 2022-8-18 23:08

正文摘要:

本帖最后由 wwl 于 2022-8-19 12:16 编辑各位老师们好，我最近用cp2k软件计算一个cof结构的表面静电势图，我使用的方法是将cof结构的cif文件导入到sob老师的Multiwfn软件中，输入cp2k，进入自动生成cp2k输入文件 ...

回复 Reply

zhp1219 发表于 Post on 2024-6-12 01:40:01

tong_gexthr 发表于 2024-4-12 16:00
您好，我用cp2k直接导出cube文件在VMD画静电势图，我也遇到了基本上是全红的情况，改了颜色显示autoscale ...

请问最后是换了vmd版本解决了吗？我跟你遇到了同样的问题，但是我换了版本也不行

tong_gexthr 发表于 Post on 2024-4-12 16:00:20

本帖最后由 tong_gexthr 于 2024-4-12 16:36 编辑

您好，我用cp2k直接导出cube文件在VMD画静电势图，我也遇到了基本上是全红的情况，改了颜色显示autoscale也有点奇怪，想问下您怎么解决的呢？
-------------
不好意思这个问题已经解决啦，应该是我的VMD有点bug，谢谢！

wwl 发表于 Post on 2022-8-19 17:36:03

sobereva 发表于 2022-8-19 17:34
不是让你设三层的晶胞，而是模拟单层，但是把盒子Z方向尺寸设大

嗯嗯，好的，我再试试

sobereva 发表于 Post on 2022-8-19 17:34:52

不是让你设三层的晶胞，而是模拟单层，但是把盒子Z方向尺寸设大

wwl 发表于 Post on 2022-8-19 17:06:57

sobereva 发表于 2022-8-19 13:10
如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

sob老师您好，很感激您在百忙之中回复我的问题，非常感谢。
我根据您的指导，将单胞在z方向上扩了三次，获得了一个三层的晶胞，然后将cif文件导入Multiwfn中，输入以下：
cp2k\\进入cp2k功能选择模块
-7\\选择设置周期边界方向
XY\\输入XY表明在XY方向上
-3\\输出cube文件
1 Electron density (also with spin density for unrestricted calculation)\\计算电荷密度
0\\保存文件
得到inp文件以后，直接进行计算，其余选项皆为默认，以此得到了电荷密度cube文件
而ESP文件则重复以上步骤
cp2k\\进入cp2k功能选择模块
-7\\选择设置周期边界方向
XY\\输入XY表明在XY方向上
-3\\输出cube文件
4 Hartree potential (negative of ESP)\\计算ESP
0\\保存文件
以此得到ESP.cube文件，我不知道我的操作是否符合您指导的意思，最终得到的结果还是和此前的结果别无二致。如果您能看到这条消息，期待您能帮我看看我的操作哪里存在问题。非常感谢，感谢您能给出宝贵的意见。

wwl 发表于 Post on 2022-8-19 16:39:29

sobereva 发表于 2022-8-19 13:10
如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

嗯嗯，多谢老师，我马上试试

sobereva 发表于 Post on 2022-8-19 13:10:55

如果你要研究单层的情况，设成二维周期性，并且把盒子Z方向设大点

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register