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求助：关于蛋白质-配体复合物分子动力学模拟位置限制问题

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年年是陶大猫

发布时间: 2022-8-19 15:45

正文摘要:

本帖最后由年年是陶大猫于 2022-8-19 15:51 编辑各位大佬，审稿意见回复Low RMSD values over the 100ns trajectory make this reviewer suspect whether positional restraints have been used during the si ...

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xiaoche 发表于 Post on 2022-10-18 19:33:26

请问楼主你的 RMSD 值在多少范围？

年年是陶大猫 发表于 Post on 2022-8-19 18:15:24

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-19 17:30
从这个mdp文件来看，如果你没有对top,itp等文件进行修改，那么就没有位置限制

好的好的，谢谢大佬，审稿人的意思是限制配体还是限制蛋白质呢。
小分子的话好像确实对配体重原子进行限制了

gmx make_ndx -f Lig_GMX.gro -o new_hh.ndx
>0 & ! a H*
>q
gmx genrestr -f Lig_GMX.gro -n new_hh.ndx -o posre_Lig.itp -fc 1000 1000 1000

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-8-19 17:30:02

从这个mdp文件来看，如果你没有对top,itp等文件进行修改，那么就没有位置限制

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