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amber在最后生成拓扑文件和坐标文件遇到报错

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SuXXXX

发布时间: 2022-8-24 08:43

正文摘要:

各位老师，是这样的，我遇到两个问题： 1、''tleap -s -f 4j1w_tleap.in > 4j1w_tleap.out'' 生成最终用来跑MD的拓扑文件（4j1w_solv.prmtop）和坐标文件（4j1w_solv.inpcrd）时，无Error，有warning，我无视了 ...

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SuXXXX 发表于 Post on 2022-8-24 14:23:56

casea 发表于 2022-8-24 10:05
可能prmtop格式不兼容，可以手动把prmtop里面提示报错的字符段删除试试。我之前也遇到过，把那些topol fl ...

好的！！感谢您！！！

casea 发表于 Post on 2022-8-24 10:05:38

本帖最后由 casea 于 2022-8-24 10:07 编辑

SuXXXX 发表于 2022-8-24 09:41
感谢老师的回复！但是我还是遇到了问题：
1、我将“trajout restart fixed.1Y79_solv.inpcrd ”更改为“ ...

可能prmtop格式不兼容，可以手动把prmtop里面提示报错的字符段删除试试。我之前也遇到过，把那些topol flag及其包含内容删掉即可

SuXXXX 发表于 Post on 2022-8-24 09:41:39

casea 发表于 2022-8-24 08:55
1. 官网写的fixatord.in命令有问题，`trajout fixed.1Y79_solv.inpcrd restart` restart需要放在最后
2. ...

感谢老师的回复！但是我还是遇到了问题：
1、我将“trajout restart fixed.1Y79_solv.inpcrd ”更改为“trajout fixed.1Y79_solv.inpcrd restart”，依旧是一样的错误。
2、用tleap直接生成了pdb文件我检查了结构没有问题，但是如果将拓扑文件和坐标文件合成pdb结构文件，就出现错误，这是说明我的拓扑文件和坐标文件有问题吗。
麻烦老师了！

casea 发表于 Post on 2022-8-24 08:55:47

1. 官网写的fixatord.in命令有问题，`trajout fixed.1Y79_solv.inpcrd restart` restart需要放在最后
2. 使用tleap生成topol时可以直接生成pdb文件 `savepdb mol xxxx.pdb`

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