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发布时间: 2022-8-24 20:03

本帖最后由 MD萌新于 2022-8-25 09:21 编辑模拟一个溶液体系与SO2的相互作用，并想知道气液界面的性质以及SO2分子在溶液中的取向等信息。现在把溶液在NPT下（328K、1atm）跑了0.5ns，采用的 p p p 边界，导出了 ...

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MD萌新 发表于 Post on 2022-8-31 10:15:37

mengxiangidea 发表于 2022-8-30 17:28
使用pppm是可以非周期性条件的，相关命令如下：加一个这个kspace_modify slab 3.0

谢谢，我尝试过用 p p f 边界，并且x、y、z方向都在VMD里预留了空间以防止结构不合理。然后仍然在x、y方向控压，可是跑到一定的密度之后就会显示bond atoms missing，现在感觉更大程度上是势参数的问题，不知道理解的对不对，或者您还有什么其他办法请告诉我，十分感谢！

mengxiangidea 发表于 Post on 2022-8-30 17:28:19

使用pppm是可以非周期性条件的，相关命令如下：加一个这个kspace_modify slab 3.0

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