Tinker如何统计体系中各个分子的电荷

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发布时间: 2022-8-26 10:54

一个水盒子体系，用tinker跑了一个NPT，老师让统计每个水分子的电荷（我试过VMD的get charge命令取出全是零），请求帮助谢谢大家。

回复 Reply

喵星大佬 发表于 Post on 2024-4-5 11:20:59

AMOEBA只有原子偶极部分是浮动的，原子电荷和原子四极部分是死的，偶极变了静电势当然会变

ZiyuSong 发表于 Post on 2024-4-5 09:57:55

k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

那请问这个电荷转移后会更新每个原子的电势能或者说电荷吗？还是仍然不变？

安陈 发表于 Post on 2022-8-26 20:53:06

k64_cc 发表于 2022-8-26 18:02
AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

哦哦这样啊，谢谢cc您的解答

k64_cc 发表于 Post on 2022-8-26 18:02:40

AMOEBA也是0。可极化动的是偶极，不是总电荷。电荷转移是另外的东西。

AMOEBA最好用OpenMM跑

安陈 发表于 Post on 2022-8-26 15:36:48

sobereva 发表于 2022-8-26 15:30
我不用tinker，反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。

好的谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2022-8-26 15:30:17

我不用tinker，反正免不了得自己写程序。先搞清楚实时的原子电荷存在什么文件里。

安陈 发表于 Post on 2022-8-26 15:22:52

谢谢sob老师，但我用的就是amoeba可极化力场

sobereva 发表于 Post on 2022-8-26 13:50:27

如果是不可极化力场（具体来说，原子电荷不是动态更新的那种），每个水分子的净电荷始终精确为0，没有算的意义

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