统计盐桥个数随时间变化的问题

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发布时间: 2022-8-26 14:59

各位老师好，我需要画盐桥个数随时间变化曲线。我查到可以用gromacs和vmd来分析盐桥，两者都是输出盐桥距离随时间变化，我的想法是自己手动计数，看每个时间点，对应距离在4.2埃以下的盐桥有几个。用gmx saltbr -f ...

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晴天小C 发表于 Post on 2022-9-20 09:34:15

各位老师，请问盐桥占有率大于多少才算是形成了稳定的盐桥呢

bingzan 发表于 Post on 2022-8-26 15:16:30

sobereva 发表于 2022-8-26 15:11
saltbr很难用。一律用VMD的盐桥计算工具
写的文章中说清楚判断盐桥用的判据，以及如果文中要对盐桥距离随 ...

明白了，谢谢老师指导！

sobereva 发表于 Post on 2022-8-26 15:11:41

saltbr很难用。一律用VMD的盐桥计算工具
写的文章中说清楚判断盐桥用的判据，以及如果文中要对盐桥距离随时间作图，距离怎么定义的在文中说清楚就行了。

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