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Dmol 优化Co3O4 110 面吸附O2出错

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发布时间: 2016-5-3 18:59

正文摘要:

本帖最后由 Tinker 于 2016-5-3 20:17 编辑 各位老师, 你们好,有一个问题想请教一下, 隔壁实验组想计算一下Co3O4晶体110晶面对O2的吸附情况,切面后,单独优化110晶面顺利结束,但吸附O2后计算始终不收敛, ...

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卡开发发 发表于 Post on 2023-12-16 18:13:28

PBC的情况有点小差别,会通过Ewald将库伦作用分成长短程,短程的部分还是在原子球上做,与分子情况基本没有太大不同,长程部分则放在倒空间进行,这点我忘记说了。但这部分要看B Delley原文。
Seagull 发表于 Post on 2023-12-16 15:37:25
卡开发发 发表于 2023-12-15 23:32
这个标准是按照轨道自身构成的电荷密度的最高角动量截断考虑的,一般来说d的话很建议16,如果p可以稍小, ...

谢谢
卡开发发 发表于 Post on 2023-12-15 23:32:09
本帖最后由 卡开发发 于 2023-12-15 23:40 编辑
Seagull 发表于 2023-12-15 08:59
十分感谢,怪我没有描述清楚我的问题。我想问的是多级展开,选择偶极矩,四极距还是其他的选项?选择的评 ...

这个标准是按照轨道自身构成的电荷密度的最高角动量截断考虑的,一般来说d的话很建议16,如果p可以稍小,比较严谨的做法是通过测试,通常的体系16是一个比较安全的值,并且我个人实测情况计算量不会大太多。

算法层面上,如果你感兴趣,可以看MS的help文档的DMol3 -> Theory in DMol3 -> Density functional theory (DFT) in DMol3 -> Evaluating the Coulombic potential numerically,如果英文实在看起来比较困难(虽然按道理不该),中文教材中你可以参考徐光宪的《量子化学(第二版) 基本原理和从头计算法》的15.3.2的第二小节,实质上与RI类似都是在做单位元分解。
wsz 发表于 Post on 2023-12-15 09:25:27
本帖最后由 wsz 于 2023-12-15 09:27 编辑
Seagull 发表于 2023-12-15 08:59
十分感谢,怪我没有描述清楚我的问题。我想问的是多级展开,选择偶极矩,四极距还是其他的选项?选择的评 ...

Seagull 发表于 Post on 2023-12-15 08:59:11

十分感谢,怪我没有描述清楚我的问题。我想问的是多级展开,选择偶极矩,四极距还是其他的选项?选择的评判标准是什么呢,不吝赐教!
wsz 发表于 Post on 2023-12-14 23:45:09
Seagull 发表于 2023-12-14 20:41
请问如何选择多级展开呢?


Seagull 发表于 Post on 2023-12-14 20:41:47
卡开发发 发表于 2016-5-3 20:05
1、出错的原因是自洽难收敛,Co3O4应该是反铁磁性的,磁矩务必设置正确,此为其一;其二就是务必把精度设置 ...

请问如何选择多级展开呢?
茻苍 发表于 Post on 2023-11-8 18:57:48
卡开发发 发表于 2023-11-7 08:40
kTeS是电子的熵*电子温度(电子温度是smearing控制的),这一项越趋近于0影响越小,太大的smearing会导致 ...

好滴好滴,谢谢老师,又从您这儿学到了新的知识。我的团簇模型可能确实不够合理,药剂吸附的时候竟然氢和硅成键了
卡开发发 发表于 Post on 2023-11-7 08:40:56
茻苍 发表于 2023-11-6 21:32
老师您好,请问您说的smearing使用的时候看一下kTeS term,是什么意思?我查阅了一些资料,没有找到这个 ...

kTeS是电子的熵*电子温度(电子温度是smearing控制的),这一项越趋近于0影响越小,太大的smearing会导致错误的电子结构,即便收敛结果也是不可靠的,但对固体的计算来说,也不能使用太小的smearing,对金属性的体系计算也会不稳定。一般经验上来说0.001~0.01Ha有可能是合理的,但稳妥起见应该看kTeS,但因为kTeS是广延量,体系越大这个值会越大,建议参考平均到每个原子或电子的。
茻苍 发表于 Post on 2023-11-6 21:32:32
卡开发发 发表于 2016-5-3 20:05
1、出错的原因是自洽难收敛,Co3O4应该是反铁磁性的,磁矩务必设置正确,此为其一;其二就是务必把精度设置 ...

老师您好,请问您说的smearing使用的时候看一下kTeS term,是什么意思?我查阅了一些资料,没有找到这个参数的解释。
还想向您请教一个问题。我切了一个长石(010)晶面的团簇,用dmol进行几何优化时将smearing值调高到了0.02Ha才收敛,请问这样做可以吗?dmol模块的smearing值一般要求小于多少呢?
Tinker 发表于 Post on 2016-5-3 20:29:51
卡开发发 发表于 2016-5-3 20:05
1、出错的原因是自洽难收敛,Co3O4应该是反铁磁性的,磁矩务必设置正确,此为其一;其二就是务必把精度设置 ...

太感谢了!我这就试试
Tinker 发表于 Post on 2016-5-3 20:29:33
jiewei 发表于 2016-5-3 19:07
你做的应该是化学吸附吧?  直接把两个原子放在可能吸附的原子位点上,与相应原子成键,这样就不需要考虑自 ...

谢谢,我这就试试
卡开发发 发表于 Post on 2016-5-3 20:05:50
1、出错的原因是自洽难收敛,Co3O4应该是反铁磁性的,磁矩务必设置正确,此为其一;其二就是务必把精度设置合理,尤其是多极展开项;其三,减小density mixing,你可以试试把charge改成0.1或者0.05,如果还不行就charge0.05并且把spin改到0.2,还不行把DIIS size也降下来;

2、自旋需要设置,你先各自指定spin=1;

PS:smearing使用的时候看一下kTeS term,尽可能使之忽略不计,才有可能得到正确的结果。

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一直走 发表于 Post on 2016-5-3 19:18:32
我也遇到过这种报错,然后我没改smearing值,直接调了一下分子的相对位置,然后就收敛了,你试试调整一下它们的位置看看

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