CGenFF力场文件并转换成gromacs格式遇到的问题

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发布时间: 2022-8-30 10:13

在生成蛋白质配体的top文件时，根据这个帖子（https://zhuanlan.zhihu.com/p/357603663）里面的步骤，在（https://cgenff.paramchem.org）网站上用pdb文件（帖子里面使用mol2文件生成的）生成了对应的Actos.str文件, ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-8-30 18:47:30

对于跑这个体系，用CGenFF比用GAFF没有额外好处，还不如用方便得多的sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF的gromacs的拓扑文件，省得折腾

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