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kisthelp进行一维受阻转子处理时如何计算受阻势垒?

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发布时间: 2022-8-31 09:52

正文摘要:

请教各位老师,如图的kisthelp教程里提到对受阻转子的处理:受阻模式对应的频率值,后面跟上1个受阻势垒。①请问kisthelp里面的受阻势垒怎么计算呢?看了sob老师之前的回复“ 扫描可以获得,要么找二面角旋转的过 ...

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sobereva 发表于 Post on 2022-9-14 16:15:25
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-14 09:42
抱歉老师,我了解的不多,可能没理解您的意思。①如果旋转二面角,如何找过渡态呢?可不可以依据扫描曲线 ...

照常寻找过渡态,没特殊性
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
我都明确说了,扫描的时候大多数情况并不会在过渡态位置、极小点位置恰好有一个扫描点落在那里,显然没法得到准确的势垒,除非你把扫描曲线拟合成解析形式,然后再求极大、极小点
糖糖糖豆9988 发表于 Post on 2022-9-14 09:42:44
sobereva 发表于 2022-8-31 19:48
扫描曲线拟合后就有了解析形式,自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

抱歉老师,我了解的不多,可能没理解您的意思。①如果旋转二面角,如何找过渡态呢?可不可以依据扫描曲线的最高点结构进行过渡态初猜呢?②扫描曲线拟合得到解析形式,您的意思是通过扫描的能量作为角度的函数去拟合吗?然后找到函数的极大、极小点(最高、最低能量及其对应二面角),就算是找到最高和最低点的精确位置?具体如何操作呢?
sobereva 发表于 Post on 2022-9-14 03:14:01
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-13 11:33
老师,那也就是说受阻势垒是极大-极小点的能量?那这样的话通过扫描怎么才可以得到受阻势垒呢?

前面说得很明确了
扫描曲线拟合后就有了解析形式,自然能得到最高和最低点的精确位置
势垒的定义在当前语境下没有任何特殊性
糖糖糖豆9988 发表于 Post on 2022-9-13 11:33:00
sobereva 发表于 2022-9-2 07:33
否。你没法保证最高点和最低点对应的二面角坐标一定对应于极大/极小点的情况。如果你能保证那另说

老师,那也就是说受阻势垒是极大-极小点的能量?那这样的话通过扫描怎么才可以得到受阻势垒呢?
sobereva 发表于 Post on 2022-9-2 07:33:00
糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 20:04
谢谢sob老师,如果是通过扫描,用扫描曲线的最高点-最低点能量是不是就获得了受阻势垒?

否。你没法保证最高点和最低点对应的二面角坐标一定对应于极大/极小点的情况。如果你能保证那另说
糖糖糖豆9988 发表于 Post on 2022-8-31 20:04:31
sobereva 发表于 2022-8-31 19:48
扫描曲线拟合后就有了解析形式,自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

谢谢sob老师,如果是通过扫描,用扫描曲线的最高点-最低点能量是不是就获得了受阻势垒?
sobereva 发表于 Post on 2022-8-31 19:48:21
扫描曲线拟合后就有了解析形式,自然能得到最高和最低点的精确位置
去找旋转对应的过渡态然后求势垒也可以

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