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详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件

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发布时间: 2022-8-31 22:29

正文摘要:

详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件On the using CP2K to generate wavefunction files in molden format for Multiwfn 文/Sobereva@北京科音First release: 2022-Aug-31  Last upd ...

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Hlin 发表于 Post on 2024-7-10 17:42:53
sobereva 发表于 2024-7-10 15:05
没完整输入文件没法说

老师,输入文件是文件夹中bulk_TDDFT.inp, 问题是无法生成.molden文件。另一输入文件BaBS4_TDDFT.inp在cp2k中计算时提示其中的Eu元素所用的TZVP-GTH-q17不存在于GTH_Basis_Sets中(Eu来自于BaB2S4.cif结构中的Ba做了一个Eu原子替换),请问应该换成哪个基组能对其进行TDDFT计算呢?
链接:https://pan.baidu.com/s/1UnhXfj5tRwmfMzxsNBTmlQ?pwd=fvtn
提取码:fvtn
sobereva 发表于 Post on 2024-7-10 15:05:14
Hlin 发表于 2024-7-9 21:04
老师们,请问为什么用中的示例文件产生cp2k输入文件bulk_TDDFT.inp后,修改了其中的&DFT后的字段,但cp2k运 ...

没完整输入文件没法说
Hlin 发表于 Post on 2024-7-9 21:04:56
老师们,请问为什么用中的示例文件产生cp2k输入文件bulk_TDDFT.inp后,修改了其中的&DFT后的字段,但cp2k运行完后没有得到molden文件呢?

屏幕截图 2024-07-09 203747.png (15.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

屏幕截图 2024-07-09 203747.png

屏幕截图 2024-07-09 204122.png (10.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

屏幕截图 2024-07-09 204122.png

屏幕截图 2024-07-09 203747.png (15.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

屏幕截图 2024-07-09 203747.png

屏幕截图 2024-07-09 210348.png (86.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

屏幕截图 2024-07-09 210348.png

屏幕截图 2024-07-09 210358.png (83.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 51)

屏幕截图 2024-07-09 210358.png

屏幕截图 2024-07-09 210413.png (52.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

屏幕截图 2024-07-09 210413.png
ball2006 发表于 Post on 2024-2-1 09:13:42
sobereva 发表于 2024-2-1 02:55
帖子里说了

因此没法得到PDOS,计算空轨道的PDOS需要空轨道的波函数

好的,明白了。谢谢卢老师。
sobereva 发表于 Post on 2024-2-1 02:55:58
ball2006 发表于 2024-1-31 11:46
卢老师,我用了Multiwfn 3.8Dev (2024-1-31)版本是可以导入之前给您上传的molden文件(空轨道我增加了500 ...

帖子里说了
但注意此时用OT产生的molden文件里仍然只有占据轨道的波函数

因此没法得到PDOS,计算空轨道的PDOS需要空轨道的波函数
ball2006 发表于 Post on 2024-1-31 11:46:20
本帖最后由 ball2006 于 2024-1-31 11:49 编辑
sobereva 发表于 2024-1-31 07:53
问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛,导致输出了额外信息,妨碍了Multiwfn读取数据:
  Lowe ...

卢老师,我用了Multiwfn 3.8Dev (2024-1-31)版本是可以导入之前给您上传的molden文件(空轨道我增加了500个),但在画DOS图设置片段输出PDOS,无法输出PDOS的曲线。报错如下:

  1. Fragment is saved


  2. Fragment    1, number of basis functions:  2592
  3. Fragment    2, number of basis functions:   360
  4. Fragment    3, number of basis functions:   360
  5. Fragment    4, number of basis functions:   360
  6. Fragment    5, number of basis functions:   144
  7. Fragment    6, number of basis functions:   864
  8. Fragment    7, has not been defined
  9. Fragment    8, has not been defined
  10. Fragment    9, has not been defined
  11. Fragment   10, has not been defined
复制代码
  1. Calculating alpha orbital composition, please wait...
  2.     1249 orbitals will be calculated
  3. Progress: [##################################################]   100.0 %     \
  4. Calculating beta orbital composition, please wait...
  5.     1250 orbitals will be calculated
  6. Progress: [##################################################]   100.0 %     /
  7. Calculation of orbital composition took up wall clock time         0 s
  8. Note: There are orbitals with zero energy, they are automatically ignored

  9. Center of TDOS:    3.039651 eV
  10. Center of PDOS  1:         NaN eV
  11. Center of PDOS  2:         NaN eV
  12. Center of PDOS  3:         NaN eV
  13. Center of PDOS  4:         NaN eV
  14. Center of PDOS  5:         NaN eV
  15. Center of PDOS  6:         NaN eV

  16. Note: The vertical dash line corresponds to HOMO level at   5.80484 eV
复制代码

PDOS.png (39.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)

PDOS.png
ball2006 发表于 Post on 2024-1-31 08:49:54
sobereva 发表于 2024-1-31 07:53
问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛,导致输出了额外信息,妨碍了Multiwfn读取数据:
  Lowe ...

明白了,谢谢卢老师。
sobereva 发表于 Post on 2024-1-31 07:53:48
ball2006 发表于 2024-1-30 13:12
卢老师,这是上述计算结果的molden文件、out和inp文件,请您查收
链接:https://pan.baidu.com/s/1OctaL ...

问题在于你的输出文件里求解空轨道时没完全收敛,导致输出了额外信息,妨碍了Multiwfn读取数据:
  Lowest Eigenvalues of the unoccupied subspace spin            1
-----------------------------------------------------
WARNING : did not converge in ot_eigensolver
number of iterations          299  exceeded maximum
current gradient / target gradient   4.1370545202150203E-005  /    1.0000000000000001E-005
       0.23194591      0.23273139      0.23296004      0.23368749
       0.23458490      0.23511211      0.23573727      0.23612081
       0.23749200      0.23773209      0.23808017      0.23896347
       0.24765880      0.24936722      0.24952206      0.25002393
       0.25053162      0.25063490      0.25091657      0.25147411


我刚刚更新了官网上的Multiwfn,现在会自动跳过这部分,读取下面的轨道能量

ball2006 发表于 Post on 2024-1-30 13:12:24
sobereva 发表于 2024-1-30 12:01
molden文件和out、inp文件一起压缩后上传到网盘提供链接

卢老师,这是上述计算结果的molden文件、out和inp文件,请您查收
链接:https://pan.baidu.com/s/1OctaL3hsRX5eckic6U-h4Q
提取码:q6zj
--来自百度网盘超级会员V5的分享
sobereva 发表于 Post on 2024-1-30 12:01:18
ball2006 发表于 2024-1-30 11:11
卢老师,您好。我按照程序提示的要求,重新输入alpha和beta,但问题依旧。我把文件的位置路径做了隐藏, ...

molden文件和out、inp文件一起压缩后上传到网盘提供链接
ball2006 发表于 Post on 2024-1-30 11:11:47
本帖最后由 ball2006 于 2024-1-30 11:18 编辑
sobereva 发表于 2024-1-30 04:01
程序提示得很明确,让你对alpha和beta分别输入,输入例子在屏幕上都给了

卢老师,您好。我按照程序提示的要求,重新输入alpha和beta,但问题依旧。我把文件的位置路径做了隐藏,敬请谅解。
  1. Load how many unoccupied orbital energies for alpha and beta spins? e.g. 3,4
  2. If press ENTER button directly, no unoccupied orbital energies will be loaded
  3. 3,4
  4. forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file ***/MgCO3_Fe421_sp.out
  5. Image              PC                Routine            Line        Source            
  6. Multiwfn_noGUI     0000000001FFE24B  Unknown               Unknown  Unknown
  7. Multiwfn_noGUI     00000000020320AB  Unknown               Unknown  Unknown
  8. Multiwfn_noGUI     0000000002030915  Unknown               Unknown  Unknown
  9. Multiwfn_noGUI     0000000000CD4BD7  Unknown               Unknown  Unknown
  10. Multiwfn_noGUI     0000000000C9AF2D  Unknown               Unknown  Unknown
  11. Multiwfn_noGUI     0000000000853928  Unknown               Unknown  Unknown
  12. Multiwfn_noGUI     000000000042B922  Unknown               Unknown  Unknown
  13. libc-2.28.so       000014816F330D85  __libc_start_main     Unknown  Unknown
  14. Multiwfn_noGUI     000000000042B829  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码
sobereva 发表于 Post on 2024-1-30 04:01:48
ball2006 发表于 2024-1-29 17:35
各位老师好,我采用OT算法参考了上述说明中4 关于轨道的记录中方法2方式,输出了20个空轨道。通过Multiwfn  ...

程序提示得很明确,让你对alpha和beta分别输入,输入例子在屏幕上都给了
ball2006 发表于 Post on 2024-1-29 17:35:51
各位老师好,我采用OT算法参考了上述说明中4 关于轨道的记录中方法2方式,输出了20个空轨道。通过Multiwfn 3.8(Dev) 2024-Jan-21这个版本分析Dos,在利用主菜单里输入cp,再输入7,选择2 Load orbital energies from output file with &PRINT/&MO_CUBES,然后输入了输入CP2K输出文件的路径。在选择输出的空轨道个数时,出现了下面的报错,不知道该如何解决。由于我的计算体系比较大有480个原子,暂无法上传molden。
  1. Load how many unoccupied orbital energies for alpha and beta spins? e.g. 3,4
  2. If press ENTER button directly, no unoccupied orbital energies will be loaded
  3. 4
  4. forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -5, file Internal List-Directed Read
  5. Image              PC                Routine            Line        Source            
  6. Multiwfn_noGUI     0000000001FFE24B  Unknown               Unknown  Unknown
  7. Multiwfn_noGUI     000000000202AC8E  Unknown               Unknown  Unknown
  8. Multiwfn_noGUI     0000000000CD4874  Unknown               Unknown  Unknown
  9. Multiwfn_noGUI     0000000000C9AF2D  Unknown               Unknown  Unknown
  10. Multiwfn_noGUI     0000000000853928  Unknown               Unknown  Unknown
  11. Multiwfn_noGUI     000000000042B922  Unknown               Unknown  Unknown
  12. libc-2.28.so       000014F9EC8C6D85  __libc_start_main     Unknown  Unknown
  13. Multiwfn_noGUI     000000000042B829  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码

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