wsyfromwx 发表于 2025-3-20 11:01
请问有没有amber的py文件

Amber 的cpptraj可以直接算DCCM哦

这玩意的意义和算协方差矩阵区别也不大吧

请问有没有amber的py文件

youzi96 发表于 2022-12-5 15:41
非常感谢老师，100帧的出图成功了，但是X坐标轴叠起来了，请问要怎么修改呀？

我用的matplotlib绘图。你在py文件中找到   
ax.xaxis.set_major_locator(matplotlib.ticker.MultipleLocator(25))   
ax.yaxis.set_major_locator(matplotlib.ticker.MultipleLocator(25))   
其中25即代表间隔，自己修改为合适地间隔就行

非常感谢老师，100帧的出图成功了，但是X坐标轴叠起来了，请问要怎么修改呀？

casea 发表于 2022-12-5 11:45
这应该是warning，我当时写的时候只考虑复现，并没有优化性能，因此对于大轨迹可能就会出现warning。你可 ...

老师好！谢谢解答。我轨迹文件缩 小到了101帧，还是出现了如上的问题，麻烦您再帮我看一下，谢谢！

youzi96 发表于 2022-12-5 11:13
老师好！我用了您的DCCM的代码，进行计算，但是出现了一些问题，麻烦您有空的时候帮我解答一下吧，谢谢！

这应该是warning，我当时写的时候只考虑复现，并没有优化性能，因此对于大轨迹可能就会出现warning。你可以先用100帧计算试试有没有出现结果。如果出现了，就可以忽略。

老师好！我用了您的DCCM的代码，进行计算，但是出现了一些问题，麻烦您有空的时候帮我解答一下吧，谢谢！

如果你能把测试的文件上传，并讲解一下程序的思路，我也许能再优化一下。
另外，计算交叉相关系数也许可以用 scipy.signal.fftconvolve() 函数加快运算速度

乐平 发表于 2022-9-4 10:35
赞！

谢谢老师的指导，当时做的时候只是想复现一下原图和了解一下原理。再加上自己也是python的初学者，对于numpy的一些用法还不是很熟。我会根据老师的建议尝试优化一下。再次感谢

赞！

xtc轨迹最好不要超过200帧
我测试的体系：257个原子200帧算了3min

粗略看了一眼脚本，跑得慢应该是里面的 for 循环嵌套 太多了，还有很大的提升空间。
既然用了 numpy，应该是能够用高级切片功能，以及 axis= 选项来省掉过多的 for 循环的。