jim 发表于 2023-7-30 09:53
请问，你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗？是用sobtop做的？谢谢！

是的呀，用sobtop完全可以做到

confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

请问，你生成了TiO2晶胞的拓扑文件吗？是用sobtop做的？谢谢！

confidence 发表于 2022-9-12 14:04
谢谢sob老师的回答，我看了一下FAQ 12，现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下F ...

是

sobereva 发表于 2022-9-12 12:53
“拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析，生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行，输出文件里的H ...

谢谢sob老师的回答，我看了一下FAQ 12，现在把二氧化钛扩胞到72个原子再去做振动分析试试看。我看了一下FeCl2那个例子基于Hessian生成的itp文件，其键角接近的力常数值都是在一个波动不大的范围内，那我写入bonded_param.dat时力常数是只需要写一个，其数值在这个波动范围内就行吧？

confidence 发表于 2022-9-11 10:30
谢谢Sob老师的回答，我用了mSeminario方式后的确没出现SVD failed，但是只有少数几个K值产生，老师请问这 ...

“拿二氧化钛的最小晶胞去做振动分析，生成itp文件时用的是扩胞后的mol2文件”这显然不行，输出文件里的Hessian和当前体系都不对应
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里FAQ 12

各位老师，我尝试了Seminario\mSeminario\m2Seminario\DRIH方式，前三种方式都能正常finish，但是k值都是只有少数几个是有数值，大部分都是0，请问这是可以使用的么？还是说我哪里操作有误呢？
DRIH方式就会出现k值为NaN的情况。实在找不明白是哪里有问题，请各位老师帮忙解答疑问，谢谢各位老师

confidence 发表于 2022-9-10 09:32
好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧 ...

用mSeminario方式产生

sobereva 发表于 2022-9-2 18:53
1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍，对照当前情况，弄清楚原因

2 没 ...

好的，谢谢Sob老师的回复，我发现改成DRIH方法后就能顺利生成了。但是我想用同样的方式让sobtop生成二氧化钛的力常数时却出现了k值为NaN的情况，请问老师这是怎么回事呢？报错是SVD is failed。

1 把sobtop主页上涉及到基于CP2K振动分析产生拓扑文件的例子完整做一遍，对照当前情况，弄清楚原因

2 没有更准确的，除非自己冲着已知高精度理论数据或一些实验数据拟合

按照下文说的，修改gview的成键判断阈值，使得该有的键能判断出来
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）