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根据msd处理扩散系数和电导率求助

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发布时间: 2022-9-2 21:06

正文摘要:

体系是IL和水，在npt下根据gmx msd获得阴阳离子的msd，怎么转换成扩散系数电导率。直接获得的D误差是不是太大了

回复 Reply

bobosiji 发表于 Post on 2022-9-8 14:13:35

msd曲线17ns后一直往上翘有点奇怪：曲线很光滑，也不太像是统计误差。。

Entropy.S.I 发表于 Post on 2022-9-3 19:49:30

如果指定合适的-beginfit和-endfit重新算MSD耗时过长，可以直接把已得到的这条线放到Origin里面拟合。

StormSpirts 发表于 Post on 2022-9-3 18:35:13

扩散系数和电导率的转换可以参考Nernst–Einstein equation
https://www.aqion.de/site/77
https://www.sciencedirect.com/sc ... 96002001?via%3Dihub

chengsq 发表于 Post on 2022-9-3 10:19:58

通过gmx msd中的-beginfit和-endfit选取中间较为平直的部分去计算扩散系数D.

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