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Sobtop生成石墨烯拓扑文件原子电荷的设置

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wangyueda

发布时间: 2022-9-10 13:43

正文摘要:

请问下卢老师，我用gmx模拟石墨烯/水界面（示意图为图1）。模拟过程中石墨烯保持固定，使用Sobtop产生石墨烯拓扑文件。建模基本过程如下：（1）使用VMD建立双层无线延展石墨烯模型(图2/3，top/side view，晶胞尺 ...

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zyp1999 发表于 Post on 2024-12-10 15:34:09

你好，我也有相同的疑问，请问可以开放帖子查看权限吗？

1015866003 发表于 Post on 2023-3-22 09:42:24

楼主您好，帖子可以公开一下吗？现在也碰到了石墨烯原子电荷的计算问题，谢谢楼主

wangyueda 发表于 Post on 2022-9-14 16:38:23

naoki 发表于 2022-9-14 13:01
咦楼上怎么都是仅作者可见

不小心设置的。。不知道怎么解除。。

naoki 发表于 Post on 2022-9-14 13:01:44

咦楼上怎么都是仅作者可见

bobosiji 发表于 Post on 2022-9-12 14:14:31

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

sobereva 发表于 Post on 2022-9-12 13:05:47

wangyueda 发表于 2022-9-11 19:03
卢老师，我又做了个石墨烯/电解质界面体系，Sobtop生成的top文件，做能量极小化的时候正常，而做NVT平衡 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
该说的这里都说了，没有可补充的

wangyueda 发表于 Post on 2022-9-11 19:03:39

sobereva 发表于 2022-9-10 15:18
中性的石墨烯的所有原子的电荷直接当成0就完了，完全不需要计算

带电的情况可以给所有石墨烯原子设上相 ...

卢老师，我又做了个石墨烯/电解质界面体系，Sobtop生成的top文件，做能量极小化的时候正常，而做NVT平衡相的时候模拟一开始就崩溃了，出现“吐核”错误，不知道是啥原因？也尝试了将体系中的H质量改为重H以及调整步长为0.5 fs，但还是报同样的错误。附件是我NVT模拟的gro,top/itp和mdp文件。（gro文件超过上传大小限制，压缩了一下）