谢谢sob老师

赵云跳槽 发表于 2017-6-5 23:35
搭车顺问，对于文献中的超晶胞的选择有什么习惯或原则
比如

1 不能让体系原子数太多，否则算不动
2 必须足够大，使得边界效应对结果影响小。这和具体问题，体系结构有关。凭经验拿不准的话可以对结果随晶胞平移复制次数进行收敛性测试

sobereva 发表于 2016-6-7 12:31
而且直接用高斯QM:MM也不准确，哪怕是电子嵌入，一方面UFF力场本身不很准，和MM3、MMFF94差距不小，而且M ...

搭车顺问，对于文献中的超晶胞的选择有什么习惯或原则
比如



文献JACS, 2008, 130, 12377中也是这样



根本没有解释问啥这样选择超晶胞，求帮助，谢谢

lp2014 发表于 2016-6-7 11:01
Gaussian中ONIOM（QM:MM）的确不允许冻住QM所有原子，自己改代码能力有限，问题只能暂时搁置了，还是 谢谢 ...

而且直接用高斯QM:MM也不准确，哪怕是电子嵌入，一方面UFF力场本身不很准，和MM3、MMFF94差距不小，而且MM原子电荷没法与QM区域电子结构达到极化效果的自洽，最好类似这篇文章加入一个迭代过程：J. AM. CHEM. SOC. 2008, 130, 12377–12384

Gaussian中ONIOM（QM:MM）的确不允许冻住QM所有原子，自己改代码能力有限，问题只能暂时搁置了，还是 谢谢细心解答！

lp2014 发表于 2016-5-5 15:04
公式1是计算重组能的公式，我的理解是如果按照oniom分层，不固定任何分子，计算上述4点按公式1得到的值就 ...

假设C是+1态，基本流程
a 在中性下优化整体
b 把中心分子电荷设成1，用a的结构计算单点能
c 把中心分子电荷设成1，用a的结构当初始结构优化整体，优化的时候将中心分子坐标冻住
d 在中性下，用c的结构计算单点能

外重组能=(1/2)*(b-c+d-a)

具体怎么操作看你用什么理论级别。诸如分子力场，中心分子电荷是0还是1，就在相应电荷设定下计算拟合静电势电荷，给中心分子赋上。ONIOM(QM:MM)貌似无法直接实现，因为Gaussian貌似不允许冻住QM所有原子，除非自己改代码，或者问客服有什么奇淫技巧实现。

ONIOM能量取最后extrapolated energy

具体用的什么计算公式？如果直接能量相减，内重组能肯定也会掺进去，已经将之扣除了么？
如果你觉得0.34很小而异常，分子力场的能量和从头算给出的不是一个数量级的，因为参考能量不同，分子力场是以所有力场参数都在平衡值为能量0点的。而且还要注意结果取没取错，是取了UFF算的整个体系的还是取了算model体系的。