wzkchem5 发表于 2023-10-22 16:22
在%md里面加cell关键字，具体看说明书

好的，谢谢王老师。

量化小菜鸡 发表于 2023-10-22 06:55
王老师，请问这个限制势ORCA里好加吗？我的两个中性的也老是跑开。

在%md里面加cell关键字，具体看说明书

wzkchem5 发表于 2022-9-11 16:56
是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计 ...

王老师，请问这个限制势ORCA里好加吗？我的两个中性的也老是跑开。

wzkchem5 发表于 2022-9-11 16:56
是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计 ...

对的，质子给体是中性的。 我不用计算反应速率，应该不用考虑这个。谢谢老师

wwp 发表于 2022-9-11 08:55
我在做自己的体系（也是一个质子转移的过程）的时候，就是发现如果两个分子初始位置相距远一点，AIMD的模 ...

是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计算反应速率的话，得注意限制势对反应速率的影响

wzkchem5 发表于 2022-9-11 15:12
你是实际跑过了发现质子确实转移不了，还是只是理论推测如此？
这个体系[Al(OH2)6]3+带电荷很多，而NH3又 ...

我在做自己的体系（也是一个质子转移的过程）的时候，就是发现如果两个分子初始位置相距远一点，AIMD的模拟基本就观察不到两个相互靠近发生质子转移，就只有相互远离。所以在考虑这种模拟的时候初始位置的选择是不是也十分重要。

或者在我的体系中是不是通过增加一个正交的限制势，然后增加模拟的时间，也能观察质子转移的过程？

chands 发表于 2022-9-11 15:20
不会一直远离，可能要久一点。还有如果初速度较大可能远离一阵，你的热浴温度有没有升得太快？

我只是猜想一下，感觉可能会远离

不会一直远离，可能要久一点。还有如果初速度较大可能远离一阵，你的热浴温度有没有升得太快？

你是实际跑过了发现质子确实转移不了，还是只是理论推测如此？
这个体系[Al(OH2)6]3+带电荷很多，而NH3又有比较大的偶极矩，所以两者之间有很强的吸引作用，并不像两个普通分子放在一起那样容易远离