如何确定模拟盒子大小？

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发布时间: 2022-9-11 16:32

本帖最后由 bingzan 于 2022-9-11 16:45 编辑各位老师好，请问怎么确认模拟盒子大小？1. 我查到要“满足模拟的分子和自身镜像没有相互作用”，请问怎么判断与自身镜像有没有相互作用？另外怎么知道体系自身有多 ...

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bingzan 发表于 Post on 2022-9-21 20:24:01

sobereva 发表于 2022-9-12 15:42
精确没变说明根本就没设对控压（不要只保留整数）
用控压时，gmx energy能从edr文件中提取盒子尺寸随模 ...

是的，我后来发现误用了pcoupl=no。谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2022-9-12 15:42:55

bingzan 发表于 2022-9-11 17:09
谢谢！我之前这么试过，pdb中用了25，25，84，跑完一段NPT平衡后，发现这仨参数没变。请问这个是说明什 ...

精确没变说明根本就没设对控压（不要只保留整数）
用控压时，gmx energy能从edr文件中提取盒子尺寸随模拟时间的变化，什么情况一看便知

bingzan 发表于 Post on 2022-9-11 17:09:59

牧生发表于 2022-9-11 17:04
傻瓜建议，直接建立一个足够大的盒子，放入想要数量的分子和水分子，然后NPT预平衡一下，就自然到了该温度 ...

谢谢！我之前这么试过，pdb中用了25，25，84，跑完一段NPT平衡后，发现这仨参数没变。请问这个是说明什么？

牧生 发表于 Post on 2022-9-11 17:04:50

傻瓜建议，直接建立一个足够大的盒子，放入想要数量的分子和水分子，然后NPT预平衡一下，就自然到了该温度和压力条件下的合理的盒子大小，岂不是美滋滋。

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