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Beta-sheet结构对蛋白粘附作用机理分析求助

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yinxing

发布时间: 2022-9-12 14:59

正文摘要:

采用Charmm力场以组成beta-sheet疏水片段（YGYGGLYGGLYGGLGYG）作为控制变量分别进行蛋白与脂膜MD模拟(水环境)。分子运动轨迹显示含有组成Beta-sheet疏水片段与脂膜粘附比较强。模拟结果与我们实验结果 ...

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jljl 发表于 Post on 2025-3-8 22:47:50

不知道楼主的研究发表了没，我的研究方向也是关于淀粉样与黏附，想拜读一下

yinxing 发表于 Post on 2022-9-14 22:11:45

非常感谢Sob老师的建议，我会重复模拟。我们已经从实验上证明beta-sheet对粘附有显著影响。利用alphafold2进行建模蛋白结构也是符合预期，一级序列含有beta-sheet的疏水片段的蛋白运动轨迹显示始终粘附在脂膜上，相反不含有beta-sheet的蛋白运动轨迹从开始的粘附快速远离脂膜。所以请教您给与指导，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2022-9-12 19:22:29

从New Cartoon图上都看不出哪里有beta sheet
而且这两个结构差异很大，难以论证beta sheet（if any）的存在性对粘附就有什么直接的贡献
而且注意动力学的可重现性，这种问题至少重复跑5次动力学，如果确实能证明beta sheet的存在性对粘附有显著性影响，再去考虑怎么解释原理

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