求助 gromacs如何得出给定阈值内的壳层水数量

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发布时间: 2022-9-13 16:41

在模拟过程中，根据径向函数rdf得出了冠醚分子中的c原子与水分子中的o原子的rdf函数为图所示规定图中第一个谷内为阈值，大概为0.509nm，即水分子离c原子的距离小于0.509nm视为水分子在分布在冠醚分子附近，接着 ...

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xuan12138 发表于 Post on 2022-9-16 08:50:52

sobereva 发表于 2022-9-16 03:40
恰当定义组并结合-group选项可以

好的谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2022-9-16 03:40:19

xuan12138 发表于 2022-9-15 09:16
老师如果用gmx mindist命令可以吗

恰当定义组并结合-group选项可以

xuan12138 发表于 Post on 2022-9-15 09:16:16

sobereva 发表于 2022-9-15 05:59
写个VMD tcl脚本，循环每一帧，用atomselect选择附近的水（结合within...，参考http://sobereva.com/504） ...

老师如果用gmx mindist命令可以吗

sobereva 发表于 Post on 2022-9-15 05:59:30

写个VMD tcl脚本，循环每一帧，用atomselect选择附近的水（结合within...，参考http://sobereva.com/504），输出atomselect对象的OW原子的数目即是水的数目

xuan12138 发表于 Post on 2022-9-14 09:18:20

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-13 20:59
计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

我去看看谢谢！

Frozen-Penguin 发表于 Post on 2022-9-13 20:59:56

计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

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