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求助:cof体系与BDE分子吸附构象计算讨论

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发布时间: 2022-9-15 12:01

正文摘要:

各位老师好,最近与实验组合作需要计算左图cof体系与不同BDE分子结合构象,以及相应的吸附能,并进行一些IGMH弱相互作用分析,有些问题想请教下,谢谢各位老师 1、软件选择:由于是cof体系最先想到是利用gaussi ...

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zx4562430 发表于 Post on 2022-9-17 17:12:18
卡开发发 发表于 2022-9-17 14:30
1、如果你要稍微可靠一点的结果,其实就用周期边界方法计算就行,400原子其实也不算那么多,siesta和dmol ...

收到,十分谢谢老师,我试试
卡开发发 发表于 Post on 2022-9-17 14:30:03
本帖最后由 卡开发发 于 2022-9-17 14:34 编辑
zx4562430 发表于 2022-9-16 11:41
另外,sob老师,还想请教您下,对于这种cof纯非金属元素体系,使用cp2k计算时,scf收敛算法是选择OT还是 ...

1、如果你要稍微可靠一点的结果,其实就用周期边界方法计算就行,400原子其实也不算那么多,siesta和dmol3我之前都做过这么大的CHNO(甚至有些还有Al、Si)体系,甚至可能12核心的老服务器就可以带得动。cp2k我没测试过具体效率,没办法给你建议。

2、你的体系如果确定不会和COF化学吸附,力场质量合适的情况也值得试试,半经验方法优势有限。

3、其实对角化+smear的方式(展宽合适的情况)是什么情况下都能够使用的,根据不同的问题不同展宽形式又有各自的优势;而OT才有上述限定。速度上,大体系通常OT会快一些,因为OT标度会低一些。
zx4562430 发表于 Post on 2022-9-17 12:00:57
sobereva 发表于 2022-9-16 23:36
这些说法不确切

对于某个体系,在二者都可以用的情况下,哪个速度快就用哪个。有时候对角化容易收敛, ...

太详细了 谢谢社长大大
sobereva 发表于 Post on 2022-9-16 23:36:47
zx4562430 发表于 2022-9-16 11:41
另外,sob老师,还想请教您下,对于这种cof纯非金属元素体系,使用cp2k计算时,scf收敛算法是选择OT还是 ...

这些说法不确切

对于某个体系,在二者都可以用的情况下,哪个速度快就用哪个。有时候对角化容易收敛,有时候OT容易收敛,而且还要考虑到对角化和OT每一步的耗时差异对总耗时的影响,以及OT用的preconditioner对耗时和收敛性的影响。GFN-xTB算大体系通常用OT,根据我的经验这是最优选择,也因此Multiwfn创建相应输入文件时默认用OT。
zx4562430 发表于 Post on 2022-9-16 11:41:21
sobereva 发表于 2022-9-15 22:20
建议用CP2K,只考虑gamma点做GFN1-xTB的预优化,然后DFT进一步优化和计算结合能(算结合能时候可以再抠个簇 ...

另外,sob老师,还想请教您下,对于这种cof纯非金属元素体系,使用cp2k计算时,scf收敛算法是选择OT还是对角化,有些说OT算法是黑科技,速度快,因为我们也只考虑了gamma点,有些说对于半导体或绝缘体使用OT算法,对于金属导体使用对角化的方法进行计算,并使用smear方法,这些表述是正确的吗?所以当前cof体系应该采用OT算法,虽然可能GFN1-xTB方法下可能两种scf收敛算法都很快。 谢谢您
zx4562430 发表于 Post on 2022-9-16 10:51:13
sobereva 发表于 2022-9-15 22:20
建议用CP2K,只考虑gamma点做GFN1-xTB的预优化,然后DFT进一步优化和计算结合能(算结合能时候可以再抠个簇 ...

明白了,谢谢sob老师指点,谢谢
zx4562430 发表于 Post on 2022-9-16 10:49:56
wangxubo 发表于 2022-9-15 12:12
拿xtb糊弄糊弄得了

忘记xtb了,谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2022-9-15 22:20:01
建议用CP2K,只考虑gamma点做GFN1-xTB的预优化,然后DFT进一步优化和计算结合能(算结合能时候可以再抠个簇模型出来用量化程序更准确计算,有更多方法可用)。至于CP2K计算时的模型,在平行于COF平面方向用原胞,垂直于COF平面方向平移复制N倍,令小分子和镜像间有足够大的距离。
这个小分子构象空间简单,手动在COF空腔里随意摆5~10个初始位置然后优化即可。不需要做构象搜索。
wangxubo 发表于 Post on 2022-9-15 12:12:37
拿xtb糊弄糊弄得了

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