做拉伸水合物，水分子到处乱飞，且期望的拉断变成了挤压过程

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发布时间: 2022-9-15 21:32

本帖最后由牧生于 2022-9-15 22:07 编辑仿照拉伸纳米金线的教程，完全可以重复出来。但是自己改动了一下，做拉伸二氧化碳水合物时，没有观察到拉断，却观察到挤压过程，分子到处乱飞。请大神指点一下哪里有错 ...

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牧生 发表于 Post on 2025-5-19 21:45:45

Caril 发表于 2025-5-19 20:20
你好，我想问下，按照您相同的方式拉伸水合物，但是水合物总体往右边偏移，且被拉出了盒子，是什么原因导致 ...

Materials Today Chemistry, 2024, 37: 101975.

用gmx的deform功能吧

Caril 发表于 Post on 2025-5-19 20:20:29

你好，我想问下，按照您相同的方式拉伸水合物，但是水合物总体往右边偏移，且被拉出了盒子，是什么原因导致的呢？

1747657084563.png (346.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

未拉伸

1747657101671.png (408.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

拉伸后

牧生 发表于 Post on 2022-9-16 13:24:46

问题已经解决。
设定做拉伸，但轨迹看起来变成了挤压的原因，是因为设定了100bar的压力。如果将压力设为1bar，则可以明显看到拉断的过程。

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