gromacs进行拉伸动力学模拟(SMD)时蛋白发生解折叠的疑问？

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发布时间: 2022-9-24 09:23

我想使用gromacs的pull功能对蛋白进行拉伸动力学模拟(SMD)。将蛋白C端原子作为拉伸组向Y方向拉伸，同时不进行位置限制，预期结果是蛋白受到力整体向盒子另一边平移，但实际结果却是蛋白质发生了解折叠，不太明白为什 ...

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Zbin 发表于 Post on 2022-9-26 12:25:05

八月的雨季发表于 2022-9-26 11:07
我有个问题，楼主这样拉蛋白的一个点，蛋白质拉散架才是正常的现象啊？

应该再固定一点才会有解折叠现象，想想现实中拉一个自由的蛋白分子，预期也只能发生力方向的平动，不至于整体散开。

喵星大佬 发表于 Post on 2022-9-26 11:27:34

在非平衡模拟的时候不要消除整体平动，因为你施加了外力本来就应该有整体平动

八月的雨季 发表于 Post on 2022-9-26 11:07:20

我有个问题，楼主这样拉蛋白的一个点，蛋白质拉散架才是正常的现象啊？

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