sobereva 发表于 2016-5-14 19:30
2L已经回答很充分了。
Gaussian里光用scrf加上个隐式溶剂模型肯定不行，否则溶剂只是被当成连续介质来考虑 ...

谢谢老师的耐心解答

2L已经回答很充分了。
Gaussian里光用scrf加上个隐式溶剂模型肯定不行，否则溶剂只是被当成连续介质来考虑，仅表现出外场效果，没法明确讨论与之相互作用。
生物分子和小分子体系研究还是建议用gromacs，速度很快，免费，用户群大，也容易上手。lammps更偏重材料相关的问题模拟。

ruanyang 发表于 2016-5-10 22:02
1）这个帖子中的轨迹文件，Sob老师应该是使用gromacs软件得到的。这个帖子考察的应该就是水分子之间的相互 ...

只用高斯加上溶剂化模型来研究水分子之间的相互作用是不行的吧？
我没有接触过动力学软件，看来因该先简要地学习了解一下动力学原理和软件了啊
谢谢您的回答！！

1）这个帖子中的轨迹文件，Sob老师应该是使用gromacs软件得到的。这个帖子考察的应该就是水分子之间的相互作用，只是利用Multiwfn进行了aRDG分析，图形化结果（我是这样理解的）。
2）正常使用的  MD软件均能得到轨迹文件（可能需要转格式为.xyz，VMD可以直接处理，前提是轨迹文件不要太大），常用的：gromacs,lammps,namd等应该均可
3）其实就是建一个水盒子，取其中一个靠近中心的水分子进行分析（在这之前需要固定这个水分子，然后在跑一段轨迹），进行后续的分析。

其实Sob老师的帖子中讲的很详细，可能你不熟悉gromacs，导致看起来比较吃力，你可以忽略其中的相关命令！这样看起来会方便一点。

个人浅见！可以等Sob老师来详细解释！